隆安三年己亥年，也就是公元339年。
這年春天正月，辛酉日，朝廷宣布大赦。
戊辰日，燕國的昌黎尹留忠謀反，被誅殺了。這件事還牽連到尚書令東陽公慕容根、尚書段成，他們都因此被處死。朝廷派中衛將軍衛雙到凡城，殺了留忠的弟弟——幽州刺史留誌。之後任命衛將軍平原公慕容元為司徒、尚書令。
庚午日，北魏君主拓跋珪去北方巡視，他命令大將軍常山王拓跋遵等人率領三支軍隊從東路的長川出發，鎮北將軍高涼王拓跋樂真等人率領七支軍隊從西路的牛川出發，自己則帶領大軍從中路的駮髯水出發，去襲擊高車部落。
壬午日，燕國的右將軍張真、城門校尉和翰因為謀反被處死。
癸未日，燕國大赦，改年號為長樂。燕國君主慕容盛每隔十天就親自審理案件，不搞拷打逼供那一套，反而常常能弄清案情真相。
武威王禿發烏孤把都城遷到了樂都，安排他的弟弟西平公禿發利鹿孤鎮守安夷，廣武公禿發傉檀鎮守西平，叔父禿發素渥鎮守湟河，若留鎮守澆河，堂弟禿發替引鎮守嶺南，洛回鎮守廉川。對於當地各族有才能的人，他都按照能力安排職位，有的在朝廷裡擔任要職，有的去地方管理郡縣，安排得都挺合適。
禿發烏孤對大臣們說：“隴右、河西地區，原本也就幾個郡那麼大，因為戰亂分裂成十幾個國家，其中呂氏、乞伏氏、段氏這三家最強。現在我想攻打他們，應該先打哪一個呢？”楊統說：“乞伏氏本來是我們的部落，最終會服從我們的。段氏就是些讀書人，成不了大威脅，而且他們和我們交好，攻打他們不合道義。呂光年紀大了精力不行，他的繼承人又軟弱，呂纂、呂弘雖然有才能，卻互相猜忌。如果讓浩亹、廉川的軍隊趁他們空虛輪流出擊，他們肯定得疲於奔命，不出兩年，他們兵力勞累、百姓困苦，到時候姑臧就能拿下來了。姑臧一到手，另外兩個敵人不用打也會服軟。”禿發烏孤說：“好主意。”
二月初一，北魏軍隊大敗高車二十多個部落，俘虜了七萬多人，繳獲三十多萬匹馬，一百四十多萬頭牛羊。衛王拓跋儀另外率領三萬騎兵穿越沙漠一千多裡，打敗了高車七個部落，俘虜兩萬多人，繳獲五萬多匹馬，兩萬多頭牛羊。高車各部落都嚇壞了。
林邑王範達攻占了日南、九真，接著又侵犯交趾，太守杜瑗把他打敗了。
庚戌日，北魏的征虜將軍庾嶽在勃海打敗了張超，把他殺了。
段業登上涼王王位，改年號為天璽。任命沮渠蒙遜為尚書左丞，梁中庸為右丞。
北魏君主拓跋珪在牛川南邊舉行大規模狩獵，讓高車人圍成一個圈，周長七百多裡。他驅趕圈裡的禽獸，向南趕到平城，讓高車人修建鹿苑，鹿苑占地幾十裡。三月己未日，拓跋珪回到平城。
甲子日，拓跋珪把尚書省的三十六曹和外麵的官署，總共設置成三百六十曹，讓八部大夫來管理。吏部尚書崔宏統管這三十六曹，職責就像尚書令、仆射統領事務一樣。還設置了五經博士，把國子太學的學生名額增加到三千人。
拓跋珪問博士李先：“天下什麼東西最好，能讓人增長智慧？”李先回答：“沒有比書籍更好的了。”拓跋珪說：“書籍一共有多少，怎麼才能收集起來？”李先回答：“自從有文字以來，書籍一代代增多，到現在已經數不過來了。如果君主喜歡，還怕收集不到嗎！”拓跋珪聽從了他的建議，命令各郡縣大規模搜尋書籍，全都送到平城。
當初，秦王苻登的弟弟苻廣率領三千人投靠南燕王慕容德，慕容德任命他為冠軍將軍，讓他駐守在乞活堡。正好趕上火星停留在東井星宿的位置，有人說秦國要複興了，苻廣就自稱秦王，攻打南燕的北地王慕容鐘，還把慕容鐘打敗了。當時，滑台勢單力薄，轄地不到十個城，士兵也不過一萬人，慕容鐘戰敗後，很多原來歸附慕容德的人都離開他去投靠苻廣了。慕容德隻好留下魯陽王慕容和守衛滑台，自己率領軍隊討伐苻廣，把他殺了。
燕國君主慕容寶到黎陽的時候，魯陽王慕容和的長史李辨勸慕容和接納他，慕容和不聽。李辨心裡害怕，就偷偷引來晉軍到管城，想趁慕容德出戰的時候作亂。可後來慕容德沒出戰，李辨心裡更不安了。等到慕容德去討伐苻廣，李辨又勸慕容和反叛，慕容和還是不聽，李辨就殺了慕容和，獻出滑台投降了北魏。北魏的行台尚書和跋在鄴城，率領輕騎兵從鄴城趕到滑台。到了之後，李辨後悔了，關起城門抵抗。和跋派尚書郎鄧暉去勸說，李辨才打開城門讓和跋進來，和跋把慕容德的宮女和府庫財物全都收走了。慕容德派兵攻打和跋，和跋迎戰，打敗了慕容德的軍隊，還打敗了慕容德的將領桂陽王慕容鎮，俘虜了一千多人。陳、潁一帶的百姓大多歸附了北魏。
南燕的右衛將軍慕容雲殺了李辨，率領將士的家屬兩萬多人從滑台出發投奔慕容德。慕容德想攻打滑台，韓範說：“之前是北魏來犯，我們是主人；現在我們成了客方，北魏是主人。大家心裡都很害怕，不能再打了，不如先占據一個地方，建立自己的根基，再謀劃進攻。”張華說：“彭城是楚國的舊都，可以攻打下來據守。”北地王慕容鐘等人都勸慕容德攻打滑台。尚書潘聰說：“滑台是個四通八達的地方，北邊有北魏，南邊有晉朝，西邊有秦國，在那兒待著沒有一天能安穩。彭城土地空曠、人口稀少，地勢平坦沒有險要可守，而且是晉朝的舊鎮，不容易打下來。再說它靠近江、淮，夏秋季節多水，坐船打仗是吳國的長處，卻是我們的短處。青州有兩千裡肥沃的土地，十幾萬精兵，左邊有大海的富饒資源，右邊有山河作為屏障，廣固城是曹嶷修建的，地勢險要，足夠作為帝王的都城。三齊地區的有才能的人，早就想找個賢明的君主建功立業了。辟閭渾以前是燕國的臣子，現在應該先派能說會道的人去勸說他，再派大軍跟在後麵，如果他不服，收拾他就像撿根草一樣容易。拿下青州之後，關上城門休整軍隊，等待時機再行動，這就是陛下的關中、河內啊。”慕容德猶豫不決。有個叫竺朗的和尚平時擅長占卜，慕容德派牙門蘇撫去問他，竺朗說：“我看了這三個計策，潘尚書的建議是能讓國家興盛的話。而且今年年初，彗星出現在奎、婁星宿，掃過虛、危星宿；彗星是除舊布新的象征，奎、婁代表魯地，虛、危代表齊地。應該先奪取兗州，安撫琅邪，到秋天再向北攻占齊地，這是天意啊。”蘇撫又偷偷問他燕國的國運，竺朗用《周易》占卜後說：“燕國在庚戌年衰落，壽命是十二年，傳位到兒子那一代。”蘇撫回去報告慕容德，慕容德就率領軍隊向南進發，兗州北部邊境的各郡縣都投降了他。慕容德設置地方官安撫百姓，禁止士兵搶掠，百姓都很高興，路上到處都是給軍隊送牛和酒的人。
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丙子日，北魏君主拓跋珪派建義將軍庾真、越騎校尉奚斤攻打庫狄、宥連、侯莫陳三個部落，把它們都打敗了，一直追到大峨穀，設置據點後才返回。
己卯日，朝廷追尊皇帝的親生母親陳夫人為德皇太後。
夏天四月，鮮卑疊掘部落的河內率領五千戶人家向西秦投降。西秦王乞伏乾歸任命河內為疊掘都統，還把宗室的女兒嫁給了他。
甲午日，燕國宣布大赦。
會稽王司馬道子生病了，而且天天都喝得大醉。他的世子司馬元顯知道司馬道子已經失去了朝廷上下的支持，就暗示朝廷解除司馬道子的司徒、揚州刺史職務。乙未日，朝廷任命司馬元顯為揚州刺史。司馬道子酒醒後才知道這件事，氣得不行，卻也沒辦法。司馬元顯把廬江太守會稽人張法順當成主要謀士，拉了很多自己的親信黨羽，朝廷裡的權貴都怕他，不敢得罪。
燕國的散騎常侍餘超、左將軍高和等人因為謀反被處死。
後涼太子呂紹、太原公呂纂率領軍隊討伐北涼，北涼王段業向武威王禿發烏孤求救，禿發烏孤派驃騎大將軍禿發利鹿孤和楊軌前去救援。段業準備出戰，沮渠蒙遜勸諫說：“楊軌倚仗鮮卑人的強大，有覬覦我們的心思；呂紹、呂纂深入我們領土，已經把士兵置於必死之地，這時候不能和他們對抗。現在不出戰就能像泰山一樣安穩，出戰則會像累卵一樣危險。”段業聽從了他的建議，按兵不動。呂紹、呂纂隻好帶兵回去了。
六月，禿發烏孤任命禿發利鹿孤為涼州牧，鎮守西平，召車騎大將軍禿發傉檀入朝處理府中事務。
會稽王世子司馬元顯覺得自己年紀小，不想一下子擔任重任。戊子日，朝廷任命琅邪王司馬德文為司徒。
北魏前河間太守範陽人盧溥率領他的幾千家部眾到漁陽謀生，趁機占據了幾個郡。秋季七月己未日，燕國君主慕容盛派使者任命盧溥為幽州刺史。
辛酉日，慕容盛下詔說：“按法律規定，公侯犯罪可以用金帛贖罪，這既不能懲戒惡人，又隻是讓王府獲利，實在沒意義。從現在起，犯罪的公侯都要立功贖罪，不許再用金帛贖罪。”
西秦丞相南川宣公出連乞都去世。
後秦齊公姚崇、鎮東將軍楊佛嵩侵犯洛陽，河南太守隴西人辛恭靖環城固守。雍州刺史楊佺期派使者向北魏常山王拓跋遵求救，北魏君主拓跋珪派散騎侍郎西河人張濟擔任拓跋遵的從事中郎，去回複楊佺期。楊佺期問張濟：“北魏討伐中山時，有多少士兵？”張濟說：“四十多萬。”楊佺期說：“憑北魏的實力，對付小小的羌人不在話下。況且晉和魏原本是一家，現在既然結好，按理說沒什麼可隱瞞的。我們這裡兵弱糧少，救援洛陽隻能靠魏了。如果能保住洛陽，一定有厚報；要是守不住，與其讓羌人得到，不如讓魏得到。”張濟回去彙報後，八月，拓跋珪派太尉穆崇率領六萬騎兵前去救援。
燕國遼西太守李朗在郡裡任職十年，威勢遍布境內，怕慕容盛猜忌他，多次被征召都不去。因為家人在龍城，他沒敢公開反叛，暗中召來魏軍，答應把遼西郡獻給北魏；又派使者快馬趕到龍城，誇大敵軍來犯的形勢。慕容盛說：“這肯定是欺詐。”召來使者盤問，果然沒有實情。慕容盛把李朗的家族全部處死，丁酉日，派輔國將軍李旱討伐他。
當初，北魏奮武將軍張袞憑著才能謀略被拓跋珪信任看重，當作心腹。拓跋珪向張袞詢問中原的士人，張袞推薦了盧溥和崔逞，拓跋珪都任用了他們。
拓跋珪圍攻中山，久攻不下，軍糧短缺，向大臣們問計。當時崔逞任禦史中丞，回答說：“桑椹可以當糧食。飛鴞吃了桑椹叫聲都會變，這是詩人寫過的。”拓跋珪雖然采納了他的建議，允許百姓用桑椹抵租，但覺得崔逞在輕慢自己，心裡記恨。後秦人侵犯襄陽時，雍州刺史郗恢寫信向北魏常山王拓跋遵求救，信裡說“覽兄虎步中原”。拓跋珪認為郗恢不懂君臣禮儀，讓張袞和崔逞寫回信，一定要貶斥晉朝君主。張袞、崔逞卻稱晉帝為“貴主”，拓跋珪發怒說：“讓你們貶斥他，你們卻叫‘貴主’，這和他叫‘賢兄’有什麼區彆！”崔逞投降北魏時，因為天下大亂，怕自己斷了後代，讓妻子張氏和四個兒子留在冀州，自己隻帶小兒子崔賾到平城，留下的妻兒後來逃到了南燕。拓跋珪連同這件事一起責怪崔逞，賜他死。盧溥接受燕國的爵位任命，侵犯搶掠北魏的郡縣，殺了北魏幽州刺史封遝乾。拓跋珪認為張袞推薦的人都不行，把張袞貶為尚書令史。張袞於是閉門不與外界交往，隻親手校勘經籍，一年多後去世。
燕國君主慕容寶失敗時，中書令、民部尚書封懿投降北魏。拓跋珪任命封懿為給事黃門侍郎、都坐大官。拓跋珪向封懿詢問燕國的舊事，封懿回答得很疏懶輕慢，也被罷官回家。
武威王禿發烏孤喝醉後，騎馬時撞傷了肋骨去世，遺命立年長的君主。國人擁立他的弟弟禿發利鹿孤，給烏孤定諡號為武王，廟號列祖。禿發利鹿孤宣布大赦，把都城遷到西平。
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南燕王慕容德派使者勸說幽州刺史辟閭渾歸降，辟閭渾不聽。慕容德派北地王慕容鐘率領兩萬步兵騎兵進攻他，自己進占琅邪，徐、兗二州歸附他的百姓有十多萬。慕容德從琅邪帶兵北上，任命南海王慕容法為兗州刺史，鎮守梁父。進攻莒城時，守將任安棄城逃走。慕容德任命潘聰為徐州刺史，鎮守莒城。蘭汗作亂時，燕國吏部尚書封孚向南投奔辟閭渾，辟閭渾上表推薦他為勃海太守；等慕容德到了，封孚出來投降，慕容德大喜說：“我得到青州都沒這麼高興，高興的是得到了你！”於是把機密事務交給他處理。慕容鐘向青州各郡發布檄文，說明利害，辟閭渾遷移八千多家進入廣固防守，派司馬崔誕駐守薄荀固，平原太守張豁駐守柳泉；崔誕、張豁接到檄文後都向慕容德投降。辟閭渾害怕了，帶著妻兒投奔北魏，慕容德派射聲校尉劉綱追擊，在莒城追上，殺了他。辟閭渾的兒子辟閭道秀親自到慕容德那裡，請求和父親一起死。慕容德說：“父親雖然不忠，但兒子能儘孝。”特彆赦免了他。辟閭渾的參軍張瑛為他寫檄文，言辭多有不恭，慕容德抓住他責備，張瑛神色自如，慢慢說：“辟閭渾有我，就像韓信有蒯通。蒯通遇到漢高祖活了下來，我遇到陛下卻要死，和古人相比，我私下覺得很不幸罷了！”慕容德殺了他，於是把都城定在廣固。
燕國李旱走到建安，慕容盛緊急召他回去，君臣都猜不出原因。九月辛未日，又派他出發。李朗聽說家人被誅殺，聚集兩千多戶人家自保；後來聽說李旱返回，以為燕國內部有變故，不再設防，留下兒子李養守令支，自己到北平迎接魏軍。壬子日，李旱襲擊令支，攻了下來，派廣威將軍孟廣平在無終追上李朗，殺了他。
後秦主姚興因為災異多次出現，降低名號稱王，下詔讓群公、卿士、將牧、守宰各降一級爵位；宣布大赦，改年號為弘始。慰問孤兒貧民，選拔賢能俊傑，簡化法令，清理獄訟，有政績的地方官給予獎賞，貪婪殘暴的處死，遠近都秩序井然。
冬季十月甲午日，燕國中衛將軍衛雙有罪，被賜死。李旱回來後，聽說衛雙死了，很害怕，棄軍逃跑，到板陘後，又回來請罪。慕容盛恢複了他的爵位，對侍中孫勍說：“李旱作為將領卻棄軍而逃，罪該萬死。但從前先帝流亡時，親骨肉都離心離德，公卿失節，隻有李旱作為宦官忠心勤勉不懈，始終如一，所以我念及他的功勞才赦免了他。”
辛恭靖堅守洛陽一百多天，北魏的救兵還沒到，後秦軍隊攻下洛陽，俘獲了辛恭靖。辛恭靖見到後秦主姚興，不肯下拜，說：“我不當羌賊的臣子！”姚興把他關起來，他趁機逃了回去。從淮水、漢水以北，很多城池都請求投降後秦，並送去人質。
北魏君主拓跋珪任命穆崇為豫州刺史，鎮守野王。
會稽王世子司馬元顯，性情苛刻，隨意決定彆人的生死；他征發東部各郡中由奴隸改為佃客的人，號稱“樂屬”，把他們遷到京城，來補充兵役，東部地區因此動蕩不安，百姓深受其苦。
孫恩趁著民心騷動，從海島率領黨羽殺了上虞縣令，接著進攻會稽。會稽內史王凝之是王羲之的兒子，世代信奉天師道，不出兵也不設防，整天在道堂裡磕頭念咒。下屬請求出兵討伐孫恩，王凝之說：“我已經請大道派鬼兵守住各渡口要道，每處都有幾萬人，賊人沒什麼可擔心的。”等孫恩快到了，才允許出兵，可孫恩已經到了郡城下。甲寅日，孫恩攻下會稽，王凝之逃走，孫恩抓住他殺了，還殺了他的幾個兒子。王凝之的妻子謝道蘊是謝弈的女兒，聽說賊寇來了，舉動神色如常，命令婢女抬著轎子，抽刀出門，親手殺了幾個人，才被抓住。吳國內史桓謙、臨海太守新蔡王司馬崇、義興太守魏隱都棄郡逃跑。於是會稽人謝鎝，吳郡人陸瑰、吳興人丘尫、義興人許充之、臨海人周胄、永嘉人張永等，以及東陽、新安共八郡的人，一時間都起兵，殺了地方官響應孫恩，十天之內，聚集了幾十萬人。吳興太守謝邈、永嘉太守司馬逸、嘉興公顧胤、南康公謝明慧、黃門郎謝衝、張琨、中書郎孔道等都被孫恩的黨羽殺死。謝邈、謝衝都是謝安的侄子。當時三吳地區太平了很久，百姓不熟悉打仗，所以郡縣的士兵都望風潰散。孫恩占據會稽，自稱征東將軍，逼迫有名望的人擔任屬官，稱他的黨羽為“長生人”，百姓有不跟從他們的，連嬰兒都一起殺死，死的人有十分之七八。他還把各縣縣令剁成肉醬給他們的妻子兒女吃，不肯吃的，就肢解處死。他們所過之處搶掠財物，燒毀城鎮房屋，焚燒糧倉，砍伐樹木，填塞水井，一起聚集到會稽；婦女有嬰兒不能帶走的，就把嬰兒扔到水裡，說：“祝賀你先登仙堂，我隨後就來找你。”孫恩上表列舉會稽王司馬道子和世子司馬元顯的罪狀，請求殺了他們。
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自從皇帝即位以來，朝廷內外就不和睦，石頭城以南都被荊州、江州所控製，以西都由豫州獨掌大權，京口及長江以北則被劉牢之和廣陵相高雅之把持，朝廷能直接管轄的，隻有三吳地區而已。等到孫恩作亂，八郡都被孫恩占據，京城周圍各縣，盜賊到處蜂擁而起，孫恩的黨羽中還有潛伏在建康的，人們內心都很恐慌，常常擔心會發生意外叛亂，於是朝廷內外都進入戒嚴狀態。朝廷加授司馬道子黃鉞，司馬元顯兼任中軍將軍，命令徐州刺史謝琰兼管吳興、義興的軍事，去討伐孫恩；劉牢之也出兵討伐孫恩，上奏表後就立刻行動。
西秦任命金城太守辛靜為右丞相。
十二月甲午日，燕國燕郡太守高湖率領三千戶人家投降北魏。高湖是高泰的兒子。
丙午日，燕國君主慕容盛封弟弟慕容淵為章武公，慕容虔為博陵公，兒子慕容定為遼西公。
丁未日，燕國太後段氏去世，諡號為惠德皇後。
謝琰進軍擊殺了許允之，迎接魏隱返回郡城，又進軍攻打丘尫，打敗了他，然後和劉牢之邊打邊進，所到之處都取得勝利。謝琰留在烏程駐守，派司馬高素協助劉牢之，進軍到浙江邊。朝廷下詔任命劉牢之都督吳郡諸軍事。
當初，彭城人劉裕，出生時母親就去世了，父親劉翹客居京口，家境貧寒，打算把他扔掉。同郡人劉懷敬的母親，是劉裕的姨母，當時生下劉懷敬還沒滿一年，跑去阻止了劉翹，斷掉劉懷敬的奶來喂養劉裕。劉裕長大後，勇猛健壯有遠大誌向，隻認識一點字，靠賣鞋子為生，還喜歡玩樗蒲這種賭博遊戲，被同鄉人看不起。劉牢之攻打孫恩時，引薦劉裕參與軍事，讓他帶領幾十人去偵察賊軍情況。他們遇上了幾千名賊兵，劉裕立刻迎上去攻擊，隨從的人都戰死了，劉裕也掉到了河岸下。賊兵到岸邊想下去，劉裕舉起長刀向上砍殺了好幾個人，才得以爬上岸，接著大聲呼喊著追趕賊兵，賊兵都逃跑了，劉裕殺死殺傷了很多賊兵。劉敬宣奇怪劉裕怎麼這麼久沒回來，帶兵去尋找，看到劉裕獨自一人驅趕著幾千名賊兵，都十分驚歎。於是趁機進攻賊兵，把他們打得大敗，斬殺和俘獲了一千多人。
起初，孫恩聽說八郡都響應自己，對下屬說：“天下大事沒什麼可擔憂的了，我會和各位穿著朝服到建康去。”不久聽說劉牢之到了江邊，又說：“我割據浙江以東，至少也能像勾踐一樣稱王！”戊申日，劉牢之帶兵渡過長江，孫恩聽說後，說：“我逃跑也不算羞恥。”於是驅趕著二十多萬男女向東逃跑，在路上丟棄了很多寶物、子女，官軍隻顧著爭搶這些東西，孫恩因此得以逃脫，又逃回了海島。高素在山陰打敗了孫恩的黨羽，斬殺了孫恩任命的吳郡太守陸瑰、吳興太守丘尫、餘姚縣令吳興人沈穆夫。
東部地區遭受戰亂後，百姓都盼望官軍到來，可後來劉牢之等人放縱士兵大肆搶掠，士人百姓都很失望，郡縣城中再也看不到人影，過了一個多月才有少量人回來。朝廷擔心孫恩再次來襲，任命謝琰為會稽太守、都督五郡軍事，率領徐州的文武官員駐守海浦。
任命司馬元顯為錄尚書事。當時人們稱司馬道子為“東錄”，司馬元顯為“西錄”；西錄府門前車馬眾多，十分熱鬨，東錄府門前卻冷清得可以張網捕鳥。司馬元顯沒有好的老師和朋友，他所親信的大都是些奸佞諂媚的人，這些人有的吹捧他是一時的英雄豪傑，有的稱讚他是風流名士。從此司馬元顯一天比一天驕橫奢侈，還暗示禮官提議，認為自己德行高、威望重，既然總領百官，百官都應該對他表示最高的敬意。於是公卿以下的官員，見到司馬元顯都要下拜。當時戰事頻繁，國家財力空虛，從司徒以下的官員，每天的口糧隻有七升，可司馬元顯卻不停地搜刮錢財，財富超過了皇室。
殷仲堪擔心桓玄專橫跋扈，就和楊佺期聯姻，互為援助。楊佺期多次想攻打桓玄，殷仲堪每次都製止他。桓玄擔心最終會被殷仲堪、楊佺期消滅，就報告朝廷掌權者，請求擴大自己的管轄範圍；掌權者也想讓他們互相爭鬥，使他們產生矛盾，於是加授桓玄都督荊州四郡軍事，又讓桓玄的哥哥桓偉代替楊佺期的哥哥楊廣擔任南蠻校尉。楊佺期又氣憤又害怕。楊廣想抗拒桓偉，殷仲堪不同意，讓楊廣離開京城去擔任宜都、建平二郡太守。楊孜敬原先擔任江夏相，桓玄派兵襲擊並劫持了他，任命他為谘議參軍。
楊佺期整頓軍隊，樹立軍旗，聲稱要去救援洛陽，想和殷仲堪一起襲擊桓玄。殷仲堪雖然表麵上和楊佺期結盟，心裡卻懷疑他的用心，苦苦勸阻他；但楊佺期還是像老虎一樣難以控製，殷仲堪隻好派堂弟殷遹駐守在北部邊境，來阻止楊佺期。楊佺期既不能單獨起兵，又猜不透殷仲堪的真實想法，隻好停止行動。
殷仲堪生性多疑，缺乏決斷力，谘議參軍羅企生對他的弟弟羅遵生說：“殷侯為人仁慈卻沒有決斷，一定會遭遇到災難。我蒙受他的知遇之恩，從道義上講不能離開他，一定會為他而死。”
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這一年，荊州發生大水，平地積水有三丈深，殷仲堪拿出倉庫裡所有的糧食來救濟饑民。桓玄想趁他空虛的時候討伐他，就出兵向西進發，也聲稱要去救援洛陽，還寫信給殷仲堪說：“楊佺期蒙受國家恩惠卻不顧朝廷，應該一起治他的罪。現在我要進入沔水討伐楊佺期，已經在江口駐軍。如果你對我沒有二心，可以抓住楊廣殺了他；如果不這樣做，我就帶兵進入長江。”當時巴陵有積存的糧食，桓玄先派兵襲擊奪取了那裡。梁州刺史郭銓正要去上任，路過夏口，桓玄謊稱朝廷派郭銓做自己的前鋒，還把江夏的軍隊交給郭銓，讓他統領各軍一起前進，又秘密告訴哥哥桓偉讓他做內應。桓偉驚慌失措，不知道該怎麼辦，自己帶著桓玄的信去給殷仲堪看。殷仲堪抓住桓偉作為人質，讓他給桓玄寫信，言辭十分懇切。桓玄說：“殷仲堪這個人沒有決斷力，常常想著成敗的算計，為兒女做打算，我哥哥一定沒什麼可擔心的。”