主要依據有清末給光緒看病的名醫屈桂庭他的回憶錄中說“光緒在臨死前三天，在床上不停地翻滾，並且不停地大叫，‘肚子疼得不得了。’臉色發暗，舌頭又黃又黑，明顯是中毒症狀。”
根據這種說法，光緒是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太後，因為她是當時最有權勢、又嚴密控製光緒帝的、是最好下毒、最可能下毒的人。
第二種袁世凱見慈禧一病難起，怕慈禧死後，光緒掌握實權，報複自已在戊戌變法出賣皇帝的行為。於是賄賂宮廷宦官，用劇毒藥物害死光緒帝。
這種說法最有權威的依據是清朝最後一個皇帝溥儀的說法，溥儀說“我親耳聽到一個侍候光緒帝的老太監講’光緒帝死前一天，隻是用了一劑藥，才變壞的。後來才知道這劑藥是袁世凱送的。”
第三種太監李蓮英得悉光緒帝的日記中載有西太後死後將誅袁世凱和他的消息，與慈禧一起陰謀將毒藥投入光緒帝的食物中致使光緒帝中毒身亡。
第四種有專家根據光緒帝生前的病曆，結合當時的曆史背景和現代中醫學理論，推斷是光緒帝因為嚴重肺結核病加上其它並發症，導致死亡的。
第五種光緒帝有嚴重的腎虧，加上光緒帝從小身體虛弱。從幾歲起就受慈禧的壓製，長期處在緊張之中。後來又在做皇帝時更是經曆一連串的挫折和打擊，病情逐漸加重，引起一係列呼吸道、消化道、等並發病症，最後病亡。這一說法主要依據是光緒生前的病曆和光緒生前自已的一段回憶。
但是，仇恨袁世凱的人和袁的政敵更願意相信，光緒是被袁世凱所害。
可以想象，如果慈禧死在光緒皇帝前麵，光緒可以親政，要做的第一件事，肯定就是殺袁世凱。
現在，皇權落入了光緒的家人之手，光緒的家人和袁世凱的政敵看到機會來了，紛紛上奏朝廷，要求殺袁世凱實現光緒皇帝的遺願。
逃亡海外的康有為和梁啟超也分彆發表討袁檄文，提出“先帝之喪苟有可疑，袁世凱固賊也；即無可疑，袁世凱也賊也。”
是說，無論光緒皇帝的死與袁世凱有無關係，袁世凱都是賊，都必須除之。
在一片倒袁聲中，袁世凱可謂惶惶不可終日。
外界也有種種猜測，擔心中國的對外政策發生變化。
一九零八年的十一月二十一日，二十六歲的攝政王載灃首次接見外國公使，袁世凱在坐。
似乎給人傳遞出的信息是誅殺袁世凱的消息不過是謠言。
同年十二月二日，溥儀正式登皇帝位，定明年也就是一九零九年為宣統元年。
溥儀登基的第二天，清廷重申了準備立憲的時間表，宣布宣統八年，也就是一九一六年頒布憲法。
表示，政治體製改革的國策將繼續堅持。
十二月十三日頒布監國的攝政王禮節，也就是在製度上明確了攝政王的權限，向外傳遞的信息是，治國不能靠個人的隨意性，而要用製度和規章。
十二月十六日，十八日連續下旨，要求各省督撫認真考查吏治，要求各級官員崇尚節儉，摒棄浮華，是告訴國民，新政權要反腐敗了。
十二月十九日，封官加冕，奕匡被賞加世襲罔替，也就是被封為鐵帽子王。載灃的兄弟載洵、載濤被加郡王銜。張之洞和袁世凱加太子太保銜。
奕匡和袁世凱的加封，遭到了倒袁派的強烈反對。
禦史江春霖上書攝政王“伏思慶王在庚子雖稍有微勞，而自當國以來，政以賄行，官以私進，如袁世凱、徐世昌、楊士驤、趙秉鈞、馮汝騤、唐紹儀、袁樹勳、增韞等，莫不以重賄破格擢用。
“而袁尤為其腹心，借新政為名，引用私黨，遂令官場相習成風，以奔走為事，鑽營為能。令今攝政王監國，此風少息，蓋以我攝政王素有賢聲，將退小人而用君子。今慶、袁等又邀巨寵矣，不知者以為慶王寵仍不替，宵小之徒且複彈冠相慶矣，袁等之門又如市矣，造端雖微，而關係於前途者甚巨。我攝政王其重思之。”