馮國璋就職後，派老搭檔張一麐為秘書長，師景雲為侍從武官兼軍事辦公處長，熊炳琦為侍從武官兼參謀長，張宗昌為侍從武官兼副官處長，殷鴻壽為侍從武官兼執法處長。
侍從武官長仍為蔭昌，總統府指揮使仍為徐邦傑，這兩人是袁時代就擔任這項職務，曆事袁、黎、馮三位總統，可稱三朝元老。
如願當上了大總統，馮國璋看來是真心希望北洋三傑團結，以重振北洋聲勢。在他看來，今後府院一家，上下一致，內外一心。
他緊握著段的手說“以後咱們再也沒有什麼府、院之爭了。”
又對王士珍和段祺瑞說“咱們三人從此要一條心，通力合作，在咱們三個人中間，無所謂總統、總理、參謀總長。”
王士珍很感動，段祺瑞雖表麵應承著，心裡不知作何想。
段祺瑞本來打算在馮入京後，即派段芝貴為江蘇督軍。
小段在袁世凱時代是一大紅人，做過湖北督軍和奉天督軍，其後因帝製餘孽而被邊緣化了一段時間，這次討逆有功於“再造共和”，??又可以東山再起了。
這段芝貴是有奶就是娘的人，在段祺瑞看來，用他代替馮為江蘇督軍，南京那邊也就收到自己囊中。
那知馮國璋早有他自己的安排。他在離開南京以前，就提出調任江西督軍李純為江蘇督軍，升任駐南苑的第十二師長陳光遠為江西督軍。
原來李純、陳光遠和湖北督軍王占元在北洋派中都是親馮的。
早在鎮壓辛亥革命時，馮國璋統率北軍第一軍南下與革命軍作戰。第一軍是由第六鎮統製（即師長）李純，第二鎮協統（即旅長）王占元，第四鎮協統陳光遠等混合編成，此後，，他們便逐漸在北洋係中形成一個小集團，也就是後來赫赫有名的“直係”。
直係名稱是因為馮國璋是直隸人，這和段祺瑞的皖係是因為段祺瑞是安徽合肥人相同。參加這兩係的軍閥們，並不完全是這兩省人，大都因為個人利害關係。在直、皖兩係明爭暗鬥過程中，其成員也不斷變化，很難劃分清楚。
馮國璋不隻是安排了江蘇督軍，同時也將一向由他自己親統的禁衛軍擴大為兩個師，
禁衛軍是清朝末年成立的。那時馮為禁衛軍統領，民國成立後，馮仍繼續統率這支軍隊，名稱也未變。
馮繼任總統後，禁衛軍改編為兩個師。以王廷楨為第十六師師長，留在南京，與由江西調來的第六師長齊燮元共同守衛江蘇地盤。另以劉詢為第十五師長兼總統拱衛軍司令移駐北京。
這樣的安排，他在北京當總統便有自己的軍隊，而在長江一帶又有地盤。
齊燮元，原名齊英，字撫萬，號耀珊。直隸寧河縣（現天津市寧河縣）人。光緒年間秀才。
這是個有故事之人，考中秀才後，正逢保定陸軍軍官學堂招收學員，齊英認為自己出人頭地的時候到了，忙打點行囊奔赴保定報考。
學堂考文韜武略，齊英並不發愁，發愁的是最後體檢。當時要求軍官身材魁梧、五官端正。齊英身材瘦小，一隻眼睛斜，想要錄取談何容易。
體檢這天，報考者從高到低一字排開，齊英隻能排到最後一個。
負責體檢的於、楊兩個教官，從隊首檢查到隊尾，最後到了齊英麵前。於教官負責責檢查身材，他看了齊英不由得搖了搖了頭。
齊英一看要壞，忙敬禮說道“學生身雖小而誌如鴻鵠。”
於教官聽了很驚奇，這個不起眼的小個子出口竟如此不凡。
接著楊教官過來檢查相貌，他看了齊英不由得嘬了一下牙花子。齊英一看又要壞，又是一個敬禮，說道“學生眼雖斜而能識遠。”
楊教官是這次考試的主考，曾看過齊英的考卷，很賞識此人，他聽完齊英的申辯，點點頭，笑而不語地走了。
楊教官祖籍金陵，後舉家移居寧河縣蘆台鎮，除對齊英賞識外，誰能肯定不帶一絲故鄉情？事後，楊教官征求於教官意見，於教官心領神會，何不順水推舟成全此事。
就這樣，齊英成了該學堂炮兵科二期學員，畢業後更名為齊燮元，開始了他直步青雲的生涯。
齊燮元原任十二旅旅長，因前任師長周炳文患精神病，齊乃升任。
這支軍隊一直駐防江西，它的前身是武衛右軍，後改第六鎮，再改第六師，段祺瑞、王士珍、吳祿貞、李純都帶過這支軍隊。