李文田特彆關心蔡元培這個學生，一見麵顧不上客氣，就趕忙問答卷情況。蔡元培早有準備，把自己考卷的草稿呈上。
李文田接過仔細看過後捶胸頓足，一個勁的說自己該死。蔡元培驚問怎麼回事？
李說“我早就想到了，本來要在你考前提醒你，一定要中規中矩。天算不如人算，就在你來京前，我有緊急公乾外出，剛剛回來。我應該委托彆人和你講的，既然想到了……”
說完，李不住的歎息，很是自責。
蔡元培想不到李大人對自己如此眷顧，十分感動，反而一個勁的安慰對方。
所謂皇帝不急太監急，李文田特彆痛心，說會試通過雖然也很難，但和鄉試相比，參加的人數總是少很多；正常情況下，根據蔡元培的才學，過關是沒有問題的，隻要不節外生枝。
“這一耽誤就是幾年。”說著，李文田又長長地歎了口氣。
離開的時候，蔡元培還有些不死心，問李大人，真的一點希望都沒有嗎？
李肯定地說“這些主考大員，人品都沒得說，可一個比一個頑固。像你這樣的文章，能把你的卷子閱完，已經是難為他們了，想入他們這些墨守成規人的法眼，想都不要想。”
蔡元培聽了後，不能不心服口服。想自己能夠中舉，純屬運氣好，碰上欣賞自己文風的李大人。這樣的好事，能遇上一次，已經是千載難逢了，哪能再次降臨到自已頭上。
離開了李府後，回去收拾了東西，很快就離京返家了。得到高中的消息時，複試和殿試都已經結束了。
另一種說法是，因為複試和殿試特彆看重字寫得怎麼樣，蔡自知自己的書法很一般而知難而退。
蔡元培晚年所寫的《自寫年譜》有這樣的記述“因殿試朝考的名次均已字為標準，我自量寫得不好，留待下科殿試。”
行不行總得嘗試一下，蔡元培的字其實寫得並不差。再說書法水平到一定的層次再有大的提高，恐怕需要天賦，再練幾年就能有很大進步嗎？蔡元培這樣說，恐怕多半是不讓自己的恩師為此而難過和自責。
什麼叫人品好？什麼叫素質高，什麼叫處處為彆人著想？從蔡元培的為人看，前一種說法好像更有說服力。
不過，近年來，人們在李慈銘的日記中，看到如下的記載“四月十三日，蔡進士（指蔡元培）；沈進士（指沈寶琛）來。兩生皆年少未習楷書，故不待複試而歸。”
好像證實了蔡元培晚年的說法。
但這裡也有個難解的矛盾會試考中是獲貢士稱號，殿試考中後才為進士，但李氏日記裡稱二人均為“進士”，對一個普通人也許沒什麼，但對於當朝的禦史大人，應該不太可能。此日記倒更象似是出在蔡元培兩年後中了進士之後。而說起為什麼兩年後才來複試，便有了“年少未習楷書”的說法，也未可知。
算了，我們還是不要在蔡元培的這件事上糾結了，反正蔡元培兩年以後完成複試和殿試總是事實。
蔡元培從京返回故裡，會試高中貢士的消息已經不是新聞了。此期間他曾以貢士的身份，應邀擔任上虞縣誌館總纂一職。
蔡元培曾認真研讀過各朝各代寫得好的地方誌，年輕氣盛的他既是個做事認真，又勇於創新之人。
上任後他仔細研讀了先前寫的縣誌，看到把很大的筆墨用在為當任的縣官歌功頌德上，是報喜而不報憂，沒法讓後來的人們了解這裡當時的實際情況，簡直和縣誌的本來麵貌風馬牛不相及。
寫史最基本的要求是客觀真實。所謂你儘可以罵秦始皇為暴君，也可以褒揚他為千古一帝，隻要把真實的曆史留下，就不妨礙後人站在更高的曆史高度認識和評價他。
於是，蔡元培下功夫寫出了《重修上虞縣誌例言》。很不客氣的指出先前縣誌的弊端，對如何寫好以後的縣誌，提出了一係列的意見和建議。特彆對人物誌部分，提出要“儘革陋規，不辭矯枉過正之消”。
不料，他的意見遭到了大家的強烈反對。但他不願妥協，又寫出《罪言》一篇，把自己提出的編誌體製與明代萬曆年間和清代嘉慶年間時所修舊縣誌列表比較，說明因革。但反對之聲的強烈仍一如既往，蔡元培沒得選擇，隻能辭職回家。
但蔡元培的努力沒有白費。明白和正直的人總是有的，縣誌館長朱士黻，仔細研究了蔡元培的《重修上虞縣誌例言》和《罪言》，認為他所擬體例“義例精當，卓然成家”，將其《例言》刊於新修縣誌卷末，用為後人審識。
此後，蔡元培仍在徐樹蘭的鑄學齋讀書，在研讀經史的過程中，將讀書劄記彙為《知服堂日記》一冊。日記以節氣為標識，自1890年（庚寅）霜降至次年（辛卯）小暑，曆時半年之久。這應當是蔡氏最早的日記。