為鼓勵北大學生向德、智、體、美全麵發展，他發動師生開展課外活動，組織各類社團，學校為之創造條件。
1917??年??7??月，北京大學畫法研究會成立，陳師曾、賀履之、湯定之、胡佩衡等都是初創時期的導師。
這個名師雲集的美術社團組織，在推動中國美術教育從傳統向現代轉化的道路上影響深遠。
後來的美術大家李苦禪，就是在這裡遇到徐悲鴻，並得到了藝術的入門教育。依舊是這些老師，依舊是在蔡元培的倡導下，一年後共同成立了國立北京美術學校——如今中央美術學院的前身。
由於蔡元培的發起與鼓勵，1918年在北大成立了音樂研究會，聘請著名音樂家蕭友梅為導師。1922年成立北大的音樂傳習所，宗旨是培養音樂人才，國樂專家劉天華是音樂傳習所的導師之一。傳習所師生經常舉行音樂會，並出版《音樂》月刊。
文學藝術社團、文學研究會、書法研究社等也紛紛成立。
後來，張競生還發起成立了審美學社，出版審美叢書。
這種由蔡元培倡導在講堂之外展開美育的活動方式，成了北大的一個傳統。
在很長的時間裡，進入北大的人都能親身感受到這種課外的藝術氛圍。國樂社、交響樂鑒賞會、文學社、新詩社、戲劇社等一到下午社會活動時間，就各自活躍起來。
發展到20世紀80年代，又成立了由王朝聞、宗白華任指導的文藝美學研究會，公開出版《文藝美學》論叢。這要歸功於蔡元培美育精神的鼓舞。
正如梁漱溟在40年代所作《紀念蔡元培先生》一文所說“蔡先生一生的成就不在學問，不在事功，而隻在開出一種風氣，釀成一大潮流，影響全國，收果於後世。”
蔡元培的美育精神影響之大，乃這種緣由。
對於美育方麵的人才，蔡元培更是格外愛惜。徐悲鴻、劉海粟和林風眠，無一例外均得助於蔡元培的提攜。
他在法國就慧眼識人，不遺餘力幫助林風眠，資助其生活。1928年更是不拘一格任命，28歲的林風眠為國立藝術院首任院長，造就中國最年輕的一位大學校長。
23??歲的徐悲鴻因時局動蕩無法完成赴法的行程，滯留北京，也被求賢若渴的蔡元培請到北大，成為外國畫部的導師。
民國著名女畫家、蔡元培最疼愛的女兒蔡威廉也任教於國立藝術院。
教務長林文錚娶了蔡威廉後，蔡元培對女婿說“你不要從政做官，把一生精力投放在藝術事業中去，就在這裡乾一輩子，幫助林風眠把學校辦好，他一個人是很難辦下去的。”
雕塑家劉開渠原本是國立北京美術學校西畫係畢業生，在大學院當抄寫員。他對蔡元培說自己想出國學雕塑。1928年蔡元培就將他以“駐外著作員”身份派往巴黎，月薪80元。
他在巴黎國立美院學業有成時，蔡元培又適時來信“國內的雕塑事業需要人才”。他的召喚讓劉開渠1933年歸國，後成為新中國雕塑的奠基者。
北京大學藝術學院教授、北京大學視覺與圖像研究中心主任朱青生說蔡元培“在學術上也支持了無數的人，功德無量”。這位中國現代美術事業的開拓者，直接促進了中國現代美術教育體係的形成。“社會正在變革的時期，蔡元培推動了美育極大的發展，他是做這個事情，效果最大的一個個人”。
隨著美育實踐的逐步推進，蔡元培越來越意識到，美育決不限於藝術教育。
他對美學、美育、美術三者作了區彆。提出了美育不同於美術廣義的美術，包括了所有藝術，範圍不同，作用也不同。藝術裡包含了真、善、美，文學的道德功利更為明顯。美育則在怡性悅情，陶冶感情，培養美的精神，塑造純潔的人格，但美育的範圍卻要比藝術教育廣泛得多。
美育的工具，離不開美的對象，而美的對象廣泛存在於世界上，所以，美育的途徑十分廣闊。
針對當時文化教育界普遍把美育和美術混為一談的這種傾向，他特彆地指出“有的人常把美育和美術混在一起。自然，美育和美術是有關係的，但這兩者範圍不同。”不同在那裡呢？“美育的範圍要比美術大得多，包括一切音樂、文學、戲院、電影、公園，小小園林的布置，繁華的都市例如上海，幽靜的鄉村例如龍華等等，此外，如個人的舉動例如六朝人的尚清談，社會的組織，學術團體，山水的利用，以及其他種種的社會現狀，都是美育。”
這就是說，我們這個世界上所存在的各種現象，從社會上的人文現象，精神現象，一直到自然現象，都可能成為美的對象。美育可以運用這些美的對象，作為美育的手段，因而美育的範圍無比廣泛。
北大在蔡元培的推動下，對學生在德、智、體、美各方麵的教育，顯著改變了學生的精神麵貌。