大學的事務，由大學教授組成的教育委員會主持，校長由教育委員會選舉產生。各大學區大學的校長組成高等教育會議，處理各大學區間的事務。
教育部隻負責處理經高等教育會議議決而與中央政府發生關係的事務，及教育統計報告等，不乾涉各大學區事務，教育總長必經高等教育會議認可。
這裡不難看出，蔡元培在借鑒法國的大學區製。他的這一設想，也成為後來的南京國民政府初期，實施“大學區製”的框架基礎。
教育獨立的呼聲雖然喊了很多年，但是隻是學界的一廂情願，終究而沒有結果。
這一年的四五月間，第一次直奉戰爭在京津地區附近爆發。雙方10餘萬兵力，在一個星期的時間內激烈廝殺。
為了保證學校的安全，在蔡元培推動下，組建了北大保衛團。由李四光丁燮林白雄遠負責籌建，學生參加者達300多人。
不久前，北大剛剛舉辦的中斷六年之久的學校運動會，重視體育和體現“知識階層武化”的現實需求，使這個最高學府破天荒在出現的學生軍。這和蔡元培民國初年提出的，軍國民教育的思想倒是完全一致的。
直奉之戰以直係勝利而告終。直係這個有英美等國支持的軍閥集團，較之當時的皖係特彆是奉係，似乎在政治上清明一些。特彆是秀才出身的常勝將軍吳佩孚，頗得時人的好感。??由此，直係的當權，使不少期盼政治清明的人們一度想入非非。
曾經在留學回國之初，發誓20年不談政治的胡適，此時居然也第一次發表政論，寫了《我們的政治主張》一文。??他甚至覺得此文可用為公開的宣言，便約請他的十餘名本校的同仁和校外的朋友，在蔡元培的住所會商此事。
眾人討論修訂後，於5月14日聯名發表。這篇書生議政的文字，主張好人應當站出來參與政治，組織一個為各方麵均能接受的好人政府，推行政治改革。首先實現南北議和，召集民國六年被解散的國會製定憲法，進以裁兵裁官，使國內政治逐漸步入正規。
肯定地說，這一宣言反映了歐美派知識分子和平改良現實政治的善良願望，在當時的輿論界，引起了一定程度的共鳴。
蔡元培肯領銜發表這樣的宣言，表現了他同樣對直係抱有良好的希望，也和許多善良的人們一樣，希望國家能從不休止的紛爭中走出來。
故此，當直係的曹錕，吳佩孚完成了“法統重光”之後，他便電請孫中山，??中止北伐結束護法。儘管此舉遭到很多南方國民黨人的強烈反對，蔡元培仍然我行我素，在他看來，他這是在順應民意。
可以看出，在北大任職的這幾年，蔡元培基本上是作為社會名流而涉足國內的政治，這也就使他較少顧及黨派的身份，在思想上有很大的自由度。
這一年的暑假，國內的教育界人士齊聚濟南，舉行的中華教育改進社的第一次年會。蔡元培作為該社董事，向大會致開幕詞。會議重點是討論修改學製的問題。
中華教育改進社是1921年12月23日，新教育共進社新教育雜誌社實際教育調查社三者合並而成立。
當時正值中央政治腐朽地方主義抬頭教育領域出現權力真空的時期。教育現代化，很大程度上依靠教育社團的群體力量得以實施和進行。由於當時教育團體猶如一盤散沙，難以於全國收統一之效，此會便應運而生。
改進社推舉孟祿梁啟超嚴修張仲仁李石曾五人為名譽董事，蔡元培範源濂郭秉文黃炎培汪精衛熊希齡張伯苓李湘辰袁希濤九人為董事，聘請陶行知為總乾事。
該社以“調查教育實況，研究教育學術，力謀教育改進”為宗旨，推進教育調查教育測量科學教育，是當時中國最大的教育社團。其成立對促進了中國教育科學化民主化世界化的進程，是發揮了較好的作用的。
2011年恢複重建的中華教育改進社，現有社員三百餘人，已形成有誌教育改進者相互切磋和激勵的平台，成為非營利性專業化的第三方智庫，這為後話。
在中華教育改進社的推動下，1922年9月下旬，北京政府教育部召開學製會議，審議和通過學校係統改革草案等議案。
蔡元培以會議主席的身份主持會議，隨後公布的新學製《壬戌學製》《壬戌學製》比起民國初年的《壬子癸醜學製》有了很大的改進。
壬戌學製的主要特點是1縮短小學修業年限，延長中學修業年限。2若乾措施注意根據地方實際需要，不作硬性規定。3重視學生的職業訓練和補習教育。4課程和教材內容側重實用。5實行選科製和分科教育，兼顧學生升學和就業兩種準備。
1922年製定的新學製，主要是采取當時美國一些州已經實行了10多年的“六三三製”，
也就是小學年限為6年，初中與高中分彆為三年。
這表明中國現代教育製度從效法日本轉向了效法美國，由軍國民主義教育轉向了平民主義教育。但它卻並非盲從美製，而是中國教育界經過長期醞釀集思廣益的結晶。新學製的頒布和實施，標誌著中國新教育製度的確立，標誌著中國近代以來的學製體係建設的基本完成
“1922年學製”，“壬戌學製”，“新學製”“六三三學製”指的是同一個學製。
1922年《壬戌學製》，是中國現代教育史上影響最深的一次變革。不僅提出了“多留各地方伸縮餘地”的彈性教育理念，而且自下而上的改革，民間知識分子教育群體扮演了主角。
此次教育改革所確立的改革標準中，有發揮平民教育精神，謀個性之發展等內容。這與蔡元培平素的教育主張十分吻和，顯然他為新學製的製定和實施付出了很大的努力。