終於得到了朝廷的明確指示，沈葆楨也是鬆了一口氣。他一麵抓緊部署，調度軍力，準備赴台。一麵與陳濟方頻繁發報，商討對策。
到了這時，所有的蓋布都已掀開，陳濟方也就不再客氣。他隨即正式拋出了，他的應對方案。並請沈葆楨與他一起，聯袂上奏。
陳濟方的方案是封鎖台灣，困賊莫歸；詰問琉球，震懾東瀛；照會列國，聲討不義。
他同時還提出，應該立即停止與日本的一切交涉。直到日本服輸，自行前來求和，再視其情形，另作議論。
並且還要對美國進行外交施壓，迫使其撤回參與日軍行動的人員和船隻。
沈葆楨對陳濟方的方案，大部分表示讚同。但對其中“困賊莫歸”和“不與日本交涉”兩項，感到有些為難。
“困賊莫歸”，就是要圍困住侵台日軍，不讓他們跑了，還要將其控製住，作為將來談判的籌碼。
沈葆楨擔心，自己手中的戰力不足，恐無法完成這項任務。他更怕日軍被圍後，狗急跳牆，最後難以收拾。
而與日本交涉一項。他認為還是應該主動嘗試外交努力，如能讓日本主動撤軍，得以息事寧人，不是更好麼。
陳濟方為了說服他，反複發報，苦口婆心。還承諾，必要時可派商團協助。又恰逢期間，李鴻章也表示願意派出淮軍，助沈葆楨守台。
這才讓沈葆楨的底氣壯了許多，全部接受了陳濟方的方案。
當朝廷收到陳、沈二人的聯署的奏折後，也是猶豫再三，最後才勉強批複“依議”。
有了清廷的許可，陳濟方也終於可以放開手腳。
他聯絡北洋大臣李鴻章，同他一並，從各自渠道向列國發出照會，聲討日本的不義惡行。
特彆是對美國提出的外交抗議，促使了美國政府電令駐日公使，嚴禁美人美船參與事件其中。
在做足了外交準備之後，陳濟方就將正式派出艦隊，開啟“詰問琉球”。
而這時，沈葆楨又發來了求援的電報。
這個沈大人，總是覺得自己的力量太弱，並且憂心忡忡。現在陸上有支援，已讓他有所安心。但對海上的情況，卻還是沒底。
原因是船政水師，雖然艦船不少，但由於以前提到過的設計問題，真正可用於作戰的艦隻相對較少。
並且在前兩年，朝廷將船政的一些艦船，調撥給了北洋。這更降低了船政水師的戰力。
雖說當前，船政水師足以壓製前來台灣的日軍艦隊。但日本國內水師實力如何，沈葆楨卻並不清楚。
在此情況下，若日本水師傾力來台怎麼辦？為了穩妥起見，他這才向陳濟方提出要求，希望商團水師營也能派出部分艦隻，來台海增援。
回複他的，又是陳濟方的一番分析和勸慰。
陳濟方告訴他，日本的海上實力不過爾爾，大可以放心。
另外，日本也不可能再派艦隊來台灣的。因為隻要水師營的艦隊一到琉球，他們就不敢再離開日本了。
如此你來我往，水師營前出牽製，船政水師便可以安心的控製台海。