每有軍事行動，諸王都要帶領護衛隨軍出征，那些在疆場上叱吒風雲的將帥，雖身為大將軍，有時也要受到親王的節製。
諸王初封時，明太祖都要為他們選一名僧人加以輔佐。
有一位僧人法名道衍（朱棣賜名姚廣孝），是一位頗有謀略與學識的人，洪武十五年（1382年），道衍隨朱棣北上燕邸，後來與他交往密切，十分投緣，還向朱棣推薦了一位術士，名叫袁珙。
這兩人都成了朱棣的謀士。朱棣還設法結納地方文武官員，以培植自己的力量。
洪武二十二年（1389年）正月，朱元璋改大宗正院為宗人府，命朱棣擔任右宗正。
洪武二十三年（1390年）正月，朱元璋命傅友德為大將軍，率列侯趙庸、曹興、王弼、孫恪等赴北平，訓練軍馬，聽燕王節製，以出征漠北。山西的軍隊歸晉王節製。
燕王率傅友德等出古北口，偵知北元太尉乃兒不花等駐牧迤都，遂揮師前進。
這時適逢大雪，諸將欲待雪止再進軍。朱棣卻認為天降大雪，敵軍必然意料不到明軍將至，應當乘雪速進。
大軍進抵迤都，與元軍僅隔一沙磧，竟未被發覺。雖以重兵壓境，朱棣仍欲智取。派部將觀童前往敵營勸降。
觀童與乃兒不花是舊識，正在勸降時，明軍已大敗元軍，乃兒不花想乘馬逃走，觀童告訴他這是燕王的軍隊，不必害怕，邀請乃兒不花一同到明軍營帳中請降，果然被設酒款待，乃兒不花深受感動，便帶領部落和馬駝牛羊，一起歸降了明軍。
捷報傳到京師，朱元璋高興地說：“肅清沙漠者，燕王也！”自後，朱棣威名大振，更受倚重，屢次被朱元璋授命參與北方軍事，節製士馬
諸王之中，以晉王、燕王最被倚重，洪武二十四年（1391年），朱元璋命朱棣率潁國公傅友德出征，收捕番將阿失裡等人。
洪武二十六年（1393年）三月，朱元璋命晉王節製山西、燕王節製北平各衛將士，凡軍中事務，都要啟奏朝廷和晉王、燕王。
洪武二十九年（1396年）三月，朱棣率軍北征至徹徹兒山，擒敵將孛林帖木兒等數十人，又追擊至兀良哈禿城，遇敵哈剌兀，打敗敵軍凱旋。
洪武三十一年（1398年）晉王死後，朱元璋命朱棣節製北平都司、行都司、遼東都司及遼府護衛兵馬，令他總率諸王防備邊患。
洪武二十三年（1390年），朱棣招降乃兒不花後，晉王忌憚朱棣的功勞，到太子朱標處發告朱棣不聽自己的約束“勞師冒險”，使朱標將此事彙報給朱元璋。
朱棣入朝，晉王又言語冒犯朱棣，還派人在燕王府內監視，搜求朱棣的“國中細故”，燕王每入朝，太子“數以語見侵”等等，其間劍拔弩張之勢十分明顯。
洪武二十五年（1392年），太子朱標去世，朱元璋接受學士劉三吾的建議，立皇孫朱允炆為皇太孫，以杜絕諸王對皇位的覬覦。
洪武二十八年（1395年），秦王去世。洪武三十一年（1398年），朱元璋去世前夕，晉王去世，朱棣成為了諸王中最年長者。這時朱棣的羽翼已經豐滿，不但有久征慣戰的護衛軍，權限上也早已超出了“列爵不臨民”的規定。
晉王死後一個多月，朱元璋曾給朱棣一道敕諭：“朕諸子獨汝才智，秦、晉已薨，係汝為長，攘外安內，非汝其誰……爾其統率諸王，相機度勢，防邊乂民，以答天心，以副朕意。”
無疑，這時朱元璋已把朱棣看作維護朱家皇朝的一個支柱，對他寄予很大希望。
然而，朱元璋畢竟精明過人，他也慮及燕王及諸王權勢過大，對繼任皇帝構成威脅，所以，朱元璋臨死時下遺詔：“諸王臨國，毋得至京。王國所在文武吏士，聽朝廷節製”，正顯示出他的這一憂慮。
洪武三十一年（1398年）閏五月，朱元璋去世，皇太孫朱允炆即位，遺詔諸王在封國，不得到京師奔喪。燕王朱棣自北平去南京，因朱允炆詔令而停止。
朱允炆用齊泰、黃子澄之議削藩，不到一年時間，周王、岷王、湘王、齊王、代王先後被廢。
朱棣則在加緊活動。他挑選壯士充實自己的護衛軍，以勾逃軍為名，收羅異人術士。表麵上，朱棣藏起鋒芒，假稱有病，暗中則加緊練兵。他還利用燕府崇深之便，趕製軍器。
接著，朱允炆令張昺為北平布政使，謝貴、張信掌北平都指揮使司，以謝貴控製北平（今北京市），另以都督宋忠、徐凱、耿瓛屯兵開平、臨清、山海關一帶，並調檢燕府護衛軍士，加強對燕王防範措施。
朱棣的佯狂隻不過是緩兵之計，為了在大軍到來之前做好準備，他命令親信護衛指揮張玉、朱能率將士八百人入衛王城。
這時，北平都指揮使謝貴已經接到朝廷的命令，帶領在城的七衛軍隊和屯田軍士包圍了王城，並用本柵截斷了端禮門等的通道。朝廷削奪朱棣王號和逮捕燕府官屬的詔書也在這時到達北平。
建文元年（1399年）六月，齊泰將燕使鄧庸下獄審訊，具得朱棣將舉兵反狀，乃發兵逮燕府官屬，並密敕張信逮捕朱棣。張信為朱棣舊部，此時遂降朱棣，朱棣隨即為備。
七月，朱棣以計（以裝瘋麻痹張昺、謝貴二人）擒殺張昺、謝貴，並命燕府護衛指揮張玉、朱能率兵乘夜攻奪北平九門，遂據北平。
後以尊祖訓、誅“奸臣”齊泰、黃子澄，為國“靖難”為名，誓師出征。
革除建文年號，仍稱“洪武三十二年”。
他諭令將士，同時上書朝廷，聲稱根據《祖訓》“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側之惡。”
從此便開始了一場曆時四年之久的戰爭，史稱“靖難之役”。
戰事之初，因北方諸將多朱棣舊部，降朱棣從戰者甚多。朱棣先後下居庸關、懷來，捕獲南軍將領宋忠，趁勢攻下遵化，永平投降。
建文元年（1399年）八月，朱允炆以太祖舊將耿炳文為大將軍，率師30萬伐朱棣。大軍到達真定（今河北省正定縣），先鋒抵雄縣，為朱棣所襲，9千人全部戰死，複戰於真定，又大敗。
朱允炆遂以勳戚李景隆代耿炳文。
九月，江陰侯吳高帶領遼東兵馬圍困永平。
李景隆合兵五十萬，進軍至河間紮營。
十月，朱棣親自率精騎襲大寧，執寧王朱權及其妃妾世子，得其部朵顏三衛騎兵（相當於雇傭兵，均為蒙古騎兵，戰鬥力極強），兵力驟增。
李景隆乘虛攻北平，但不能克（朱棣長子朱高熾鎮守，用冰凍住城牆，使李景隆無法破城）。燕王師自大寧返回後，於鄭村壩大破李景隆軍。
李景隆退軍德州，朱棣趁機攻打蔚州、大同，引李景隆派兵救援、勞師無功。
朱允炆被迫罷兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄職，以緩燕師。（www.101novel.com）