明成祖即位後，恢複了洪武時廢罷的錦衣衛，設立東廠，合稱廠衛機構，天下臣民都處在嚴密的監視之下。
他利用宦官出使、專征、監軍、分鎮、刺臣民隱事，設置鎮守內臣和東廠。
宦官集團不僅被引入參政，政治勢力也在國家的政治生活中不斷發展壯大，特彆是將宦官集團的管理部門獨立出來，不再由吏部負責，而是由宦官集團的內部機構——司禮監管理，強化了皇權和**統治。
錦衣衛加東廠，使朝廷偵察工作日益嚴密，宦官也由此得以上下其手。
為防範駐防軍將專權，成祖派宦官赴外地監軍，甚至委派宦官出任軍職統軍鎮守。
出使外國也慮臣僚不忠而任用宦官。
《明史》記載：從永樂年間開始，宦官得有出使、專征、監軍、分鎮、刺臣民隱事諸大權。宦官成為皇帝的耳目和心腹，明朝的心腹之病不可免了。
如果說，內閣的設置，開始了閣臣執政的端緒，宦官的倚用又開創了內臣乾政的惡例，影響是深遠的。
朱元璋時，由於廢除了丞相製度，皇帝直接領導六部，事無巨細都要皇帝親自處理。
朱棣時期，完善了文官製度，在朝廷中逐漸形成了後來內閣製度的雛形，但內閣品級不高，一般要經過翰林院庶吉士鍛煉。
永樂朝內閣文臣雖隻是正五品，從職權上看也僅備顧問，但國家大政方針的製定和決策，都要谘詢他們的意見，內閣的出現彌補了自中書省廢除後，中央機構在結構上的脫節，終明一世沒有被廢除。
正統至正德年間，內閣中樞決策的權位愈發鞏固，權力也開始超過六部，內閣首輔開始出現，其地位與作用也日益顯著。
明成祖在審判製度上的創舉頗多，審慎用刑，複行死刑五複奏，並以“令”的形式將其確立為法律製度，且良好地落到實處；各省死囚百人以上者，派遣禦史去地方決囚；外地死囚亦可以赴京師會官審錄，擴大了會審的對象範圍；一定程度上避免了冤假錯案。
明代的熱審始於始於永樂二年（1404年），即在夏季炎熱時集中審理罪犯，除犯斬、絞罪立即處決之外，其餘徒、流以下罪犯，都令所在發遣減罪，以免罪囚在獄中淹滯而死。
熱審的開創性實行，發揮了源頭作用，推進了明代恤刑製度的發展。
北平是朱棣興王之地，朱棣在此經營多年，統治比較穩定；另外北平處於北方農業區與牧區接壤處，交通便利，形勢險要，是漢蒙各族貿易的中心以及北方政治與軍事要地。
定都於此不僅可抗擊自北入侵的蒙古人，且可進一步控製東北地區，由南則可統領中原，有利於維護全國統一，因此，朱棣即位後，即開始準備遷都。
永樂元年（1403年），詔以北平為北京，改北平府為順天府。
永樂四年（1406年）五月，明成祖開始營建北京，北京的營建工程主要分為內城、皇城和紫禁城。
永樂九年（1411年），命工部尚書宋禮等修會通河。
永樂十三年（1415年）五月，平江伯陳瑄等開鑿淮安附近之清江浦，使久廢的大運河重新暢通。
永樂十四年（1416年），朱棣下令正式營建北京。
永樂十八年（1420年），北京宮殿落成。
這年九月，朱棣下令明年以北京為京師，正式遷都北京。
永樂十九年（1421年）正月，朱棣在北京禦奉天殿，朝百官，大祀南郊，遷都大政至此基本完成。
從此，北京成為全國的政治、經濟、軍事、文化中心，今天北京紫禁城的規模就是當時奠定的，整個北京城布局嚴謹，極為壯麗，是中國封建社會建築史上的傑作。
北京新都城的建築物在“規製”上遵循南京，是漢族政權的文化延續，除此之外，從拱衛京師的塞上長城，到富麗堂皇的紫禁城，以及南北貫穿、左右對稱的“中軸線”，北京在整體風貌上與因勢就形、自然布局的南京有了很大的區彆。
明成祖由掌握軍權而奪得皇權，深知軍兵的重要。
尤其是京師的軍兵，更是皇權的重要支柱。
明太祖時，京師設有京軍，是最精銳的兵力。
洪武四年（1371年）統計，共有二十萬七千八百餘人。
但其中精銳，據說隻有七八萬人。
京軍分編四十八衛，由五軍都督府統領教練。
明成祖為加強京軍，在京師組建三大營。
一是“五軍營”，即原由五軍都督府教練的軍兵，分為步兵與騎兵兩個兵種，包括京師衛所軍和各地抽調來京的班軍。
二是“三千營”，由邊境少數民族即所謂“邊外降丁”組成，主要是騎兵。原來隻作為儀仗，後來主要用於巡哨。
三是“神機營”，用火器裝備起來的步兵軍團。
據說當時采用安南神機槍的製造方法，製成神機槍和神機炮兩種火器，炮利於守，槍利於戰，神機營成為作戰力較強的機械兵種。
三大營都設有“提督內臣（宦官）”或“坐營內臣”，另有武臣及坐營官、司官、把總。
神機營還設有“監槍內臣”。京軍三大營兵多用於朝廷的重大軍事行動，平時扞衛京師。
朱棣對北部邊防進行了大幅度的調整和改造，不僅使邊防指揮係統和沿邊兵力部署發生了根本性的變化，也使北部邊防的攻防組合得到改善。
在此基礎上，以京軍為後盾的分地防禦的邊防格局初步形成。
朱棣注意社會經濟的恢複與發展，認為“家給人足”、“斯民小康”是天下治平的根本。
他大力發展和完善軍事屯田製度和鹽商開中則例，保證軍糧和邊餉的供給。
派夏原吉治水江南，疏浚吳淞。在中原各地鼓勵墾種荒閒田土，實行遷民寬鄉，督民耕作等方法以促進生產，並注意蠲免賑濟等措施，防止農民破產，保證了賦役征派。
通過這些措施，永樂時“賦入盈羨”，達到有明一代最高峰。
永樂三年（1405年），全國稅糧石，這是連續第三年保持在三千一百萬石以上的稅收，按照當時不足一千萬戶的民戶統計，每戶平均納稅超過三石。
此外從永樂元年起軍衛屯田的收入也達到高峰石，加上民戶交納的稅糧，平均到當時人口，人均超過一石。
在永樂二十二年間，“稅糧總入達691，312，600石，平均歲入超過三千三百萬石，而且總的趨勢是增長的，這是有明一代的顛峰時期。”
朱棣為保證北京糧食與各項物資的需要，於永樂九年疏浚會通河，永樂十三年（1415年），因原本淤塞的大運河會通河段全麵疏浚，明朝停止海運，改由大運河漕運，由陳瑄負責，駐節淮安。