據傳朱祁鈺對待朱祁鎮十分刻薄，每逢朱祁鎮生日和元旦這兩個節日，禮部都按例上奏請朝賀太上皇，朱祁鈺一概不允，對朱祁鎮的供奉也很不周到，以致錢皇後不得不做些針線活，讓人帶到外麵出售，來換取一些食物和日用品。
不過，朱祁鎮雖被軟禁，但其子朱見深還是皇太子。
朱祁鈺為了確保自己的後代坐上皇位，在王文為首的大臣的支持下，於景泰三年（1452年）五月降朱見深為沂王，改立自己的兒子朱見濟為太子。
而在易儲不久後的金刀案更是如實反映出朱祁鎮當時的處境。
朱祁鎮曾將一個金繡袋和一把金刀賞給伺候自己的禦用監少監阮浪，阮浪又將其轉贈自己門下的皇城使王瑤。
錦衣衛指揮使盧忠見袋、刀非同凡常，便趁機偷走，密告尚衣監太監高平，高平即令校尉李善舉報阮浪密奉上皇之命，以袋、刀潛結王瑤，圖謀複辟。
朱祁鈺大怒，命將阮浪、王瑤逮下詔獄審訊，令盧忠作證，盧忠感到害怕，不願卷入其中，便聽從算命先生仝寅的建議，裝瘋賣傻，最終三人均未招認，其中王瑤被淩遲處死，阮浪死於獄中，盧忠被貶至廣西（後與高平皆被淩遲處死），朱祁鎮也逃過一劫。
景泰六年（1455年）夏，高平又向朱祁鈺建言南城樹多，恐生意外，請求全部砍伐，朱祁鈺聽從，朱祁鎮連乘涼的地方都沒有了，兄弟之間由此嫌隙更深。
朱見濟在立太子後不到一年就死去了，此後朱祁鈺再也沒有生過兒子，為了生兒子，他沉湎女色，使身體每況愈下。
景泰七年（1456年）底，朱祁鈺病倒，以致讓武清侯石亨代他祭太廟，翌年正月十三日又讓石亨代他祭天。
而石亨知道朱祁鈺已經咯血，時日無多，便與都督張軌、左都禦史楊善、太監曹吉祥密謀朱祁鎮複辟，接著，他們一邊與南宮的朱祁鎮秘密接頭，一邊找左副都禦史徐有貞謀議。
與此同時，於謙為首的大臣則主張複立沂王朱見深，大學士商輅起草了相關奏疏，在正月十六日收集了百官簽名，準備第二天早上奏請。
石亨、徐有貞聞訊，決定搶先行動，於三更領軍向南宮進發。
由於石亨掌皇城門匙，因此輕易進入皇城，用巨木撞開南宮宮門，朱祁鎮燃燭出見，石亨、徐有貞跪地請求複辟，隨後軍士備好轎子，徐有貞扶朱祁鎮上轎，到天亮時行至奉天門，升座受賀。
朱祁鎮對百官說：“卿等以景泰皇帝有疾，迎朕複位，眾卿仍舊用心辦事，共享太平。”
群臣皆呼萬歲，其後又在文華殿命陳循與徐有貞起草宣諭。
在午門向百官宣諭完畢後，於謙、王文就從班次中被抓起來，與朱祁鈺親信的司禮監太監王誠等都被投入錦衣衛獄中。
於謙、王文被誣陷謀立襄王世子。
朱祁鎮認為“於謙實有功”，猶豫不決，徐有貞提醒“不殺於謙，此舉（複辟）為無名”。
朱祁鎮遂決定處死於謙等人。
正月二十一日，朱祁鎮正式昭告天下，改當年為天順元年，在詔書中指責朱祁鈺“攘位”以及幽禁自己等種種失德。
二月初一日，以孫太後名義廢朱祁鈺為郕王，遷居西內。
十八天後，朱祁鈺死去，朱祁鎮以親王禮安葬，輟朝二日，賜諡號為戾。
朱祁鎮複辟後，除了殺於謙、王文及朱祁鈺的親信太監外，還繼續清算之前在奉迎、易儲等問題上得罪過他的人，為王振平反，同時重用擁戴他複辟的徐有貞、石亨、曹吉祥等人。
不久後，這些奪門功臣就互相傾軋。
先是徐有貞裁抑曹吉祥、石亨等的貪橫，曹吉祥讓小宦官偷聽朱祁鎮和徐有貞的秘密談話，接著自己又在朱祁鎮麵前提到這些話，並稱是從徐有貞那裡聽來的，從而動搖朱祁鎮對徐有貞的信任。
其後禦史利用天象示警來彈劾奸佞曹吉祥、石亨，兩人向朱祁鎮哭訴，稱彈劾他們的禦史張鵬係朱祁鈺親信太監張永之侄，暗示此為朱祁鈺餘黨反攻倒算，朱祁鎮便決定懲治這些言官，進而牽涉到其幕後主使是徐有貞及另一閣臣李賢，兩人便被排擠出朝，時為天順元年（1457年）六月。
不過，朱祁鎮並非不知曹、石的跋扈，又在不久後重新起用李賢，抑製曹、石，於天順二年（1458年）正月貶斥石亨的黨羽兵部尚書陳汝言。
天順三年（1459年）八月又在錦衣衛指揮使門達和指揮僉事逯杲的協助下懲處了石亨之侄石彪，年底懲處石亨。
天順四年（1460年）二月，石亨死於獄中，石彪伏誅。
在處置石氏叔侄期間，朱祁鎮下令禁用“奪門”字樣，曹吉祥感到兔死狐悲，便與其養子曹欽密謀反叛，於天順五年（1461年）七月初二日發難，被孫鏜鎮壓，曹欽全族死於亂中，曹吉祥亦被淩遲處死。
經過曹石之變，朱祁鎮才完全掌握大權。他不僅重用李賢，還起用彭時、呂原、陳文等賢臣輔政，朝政得以恢複到他即位之初的三楊內閣那種良性運轉的軌道上。
天順年間的朱祁鎮每天早晨五鼓初就起床，齋潔具服拜天，然後批閱司禮監送來的奏章，再拜謁奉先殿，接著上早朝。
退朝後即至文華殿，與有關大臣訪問商議早朝未能斷決的政事，然後下裁決。
進膳後又開始批閱章奏易決的即批出，有須仔細考慮定議的就送到內閣，令閣臣參決。然後休息至申時，再次批閱奏章。
政事鬆閒時，午休後的那段時間則聽內政。至晚上即休息。
至於母後處，則是每日一朝，有命則兩日一朝，隆冬盛暑五日一朝。
閒暇的日子或是讀書，或是觀看射箭。
從天順四年（1460年）七月開始，朱祁鎮備受腳氣病的折磨，到天順八年（1464年）正月已病入膏肓。
正月初六日，他命皇太子朱見濡（即朱見深）在文華殿（東宮）處理政務。
正月十六日，朱祁鎮召皇太子及司禮監太監牛玉等至病榻前，囑咐身後事。
除了提及孝養錢皇後以及合葬外，還下令廢除嬪妃殉葬的祖製。