朱厚照即位之初，表現出勤政的姿態，往往昧爽時分就上朝聽政，同時繼續進行日講和經筵，但不久就有所懈怠，這被認為是其身邊以劉瑾為首的八名宦官引導的結果。
他登基時災害叢生，弘治十八年（1505年）六月至八月，京畿地區烏雲密布，陰雨連綿，大水淹沒莊稼，衝塌房屋。
正德元年（1506年），彗星掃過內階和太微垣，大雨淹沒了中都鳳陽的民居；南京暴風勁吹，雨水如注，迅雷不但擊毀南京皇城的城牆，還擊中孝陵白土崗上的一棵大樹，樹乾起火，內焚中空；京師流星隕落，天鼓自鳴，震雷還擊中了郊壇、太廟、奉天殿等處的鴟吻、脊獸。
群臣認為這些災異是上天譴告，紛紛上疏勸諫新君，指出朱厚照沉湎騎射、宮中練兵、遊玩無度、微服出行、濫賞妄費、不聽直言、視朝漸晚、親王代行祭祀、久曠聖學、居喪不哀等過失。
麵對這些勸諫，朱厚照表示反省，並一度“屏去鷹犬，停止騎射”，但其內心對朝臣約束他的不滿與抵觸也與日俱增，相應地則是更加倚重劉瑾為首的宦官。
劉瑾還給朱厚照編排了弘治年間閣臣操縱朝權的戲劇，讓朱厚照對閣臣留下了惡劣的印象。
除了朱厚照對朝臣約束他的不滿外，他在具體問題上也同朝臣發生衝突，在皇莊問題、軍人占役問題，裁革冗官問題、添設宦官、整頓鹽法等。
這些本來是劉健等為他起草的登極詔中承諾改革的事項，但朱厚照維護既得利益群體，不願改變這些弊端，引發了與朝臣的衝突。
正德元年初，國舅張鶴齡、張延齡的家人控告有百姓侵占皇莊，朱厚照站在他們一方，令錦衣衛抓捕百姓二百餘人，而朝臣則集體反對，甚至要求撤銷皇莊，朱厚照雖拒絕撤銷皇莊，但規定每個皇莊隻留太監一人，校尉十餘人，不得擾民。
九月十五日，他又針對戶部尚書韓文折半批給自己所派太監崔杲所奏討的引長蘆鹽引一事反複對劉健等閣臣說：“天下事豈專是內官壞了？譬如十個人中也僅有三四個好人，壞事者十常六七，先生輩亦自知之！”
不滿之情溢於言表，不過朱厚照最後還是做出妥協，不再要求批給崔杲剩下一半鹽引。
劉健等乘勝追擊，力圖除掉朱厚照身邊的“八虎”。
於是在正德元年（1506年）十月，由戶部尚書韓文出麵，李夢陽代他寫了請斬“八虎”的奏章。
朱厚照覽奏後驚恐不安，為之流淚，茶飯不思，不得不派陳寬、李榮、王嶽等八名司禮監太監赴內閣告知劉健等說自己已經悔悟，請求饒了“八虎”的性命，但劉健等予以拒絕。
接著，他又派陳寬等到內閣傳話，說自己有意革劉瑾等人之職，發配南京，劉健還是不肯讓步，甚至放聲大哭，高呼先帝。
於是朱厚照又傳召韓文等彈劾“八虎”的大臣，讓司禮監太監李榮對他們說放過“八虎”，自己一定改邪歸正，但韓文登依然不屈不撓，要求處死“八虎”。
這時，吏部尚書焦芳將群臣準備請殺“八虎”的情況泄露給“八虎”，“八虎”便向朱厚照哭訴，慫恿他與群臣對抗。
第二天一早，劉健、李東陽、謝遷等閣臣率九卿、言官聚集在左順門前，準備伏闕奏請誅殺“八虎”。
隨後一名太監走出，宣布了寬恕劉瑾等人的聖旨。
劉健、李東陽、謝遷大失所望，上疏辭職，朱厚照批準了劉健、謝遷的辭職，留下了對“八虎”態度相對溫和的李東陽。
另一方麵，之前站在朝臣一方的司禮監太監王嶽、範亨也被發配南京（途中被劉瑾派人逼迫自縊），“八虎”之首劉瑾取而代之，成為司禮監秉筆太監，開始弄權。
正德二年（1507年）八月，朱厚照在紫禁城西麵的太液池西南岸興建豹房公廨，搬入其中，稱之為“新宅”，此後再未住過紫禁城。
朱厚照在豹房縱情聲色，但並無跡象顯示他放棄對朝政的控製，隻不過他用宦官劉瑾及依附他的焦芳等人來牽製其他朝臣，改變弘治年間權在閣臣的局麵。
除了焦芳以外，朱厚照還提拔不依附的楊廷和入閣，以相互平衡。
但當時“宦官所言，朝臣莫不順從，請托公行”，劉瑾的權勢不僅未受抑製，他還力圖掃除自己弄權的最後一道障礙——司禮監掌印太監李榮。
正德三年（1508年）六月二十六日早朝結束之際，侍班禦史發現五品以下的班次的禦道上多了一卷匿名文書，上麵讚頌李榮等人，批判劉瑾。
劉瑾將五品以下官員三百多人留在奉天門，跪在烈日下，試圖查出文書作者，卻一直沒人招認，期間李榮一度監跪，於心不忍，給百官送去冰、瓜等。
跪了一下午後，朱厚照傳旨將這三百多名官員押到錦衣衛審問，其中有三人累死。
第二天，李東陽上書求情，朱厚照順水推舟，釋放所有官員。
與此同時，他針對匿名文書上的內容表示：“你說賢明，我偏不用。你說不賢，我現在偏要用。”
於是罷免李榮等人，擢升劉瑾為司禮監掌印太監。
有觀點認為，這份匿名文書本身就是劉瑾自導自演的結果，目的就是為了排斥李榮。
劉瑾成了司禮監掌印太監後，權勢日益膨脹，所有奏章都被他帶回私宅，交給侄女婿孫聰和投靠他的鬆江府已革生員張文冕處理，既不與百官商議，也很少送交內閣擬旨。
他還經常為朱厚照安排雜役，待到朱厚照興致漸高，劉瑾便抱著各衙門的章奏，恭請朱厚照裁決。
朱厚照總會不耐煩地說：“朕用你是乾什麼的，這些瑣事還要煩朕嗎？快走！”
幾次之後，劉瑾便不再恭請朱厚照裁決了，所有政務都由他一手包辦。
此外，劉瑾還借助廠衛的力量來強化權力，他的同黨丘聚掌握東廠，還恢複了西廠，由另一同黨穀大用統領。
他還慫恿朱厚照建立內行廠，交給他自己親自統領，淩駕於東西廠之上。
他利用這些特務機構陷害異己尤其是言官，安奎、張彧、周璽、黃景等官員均受到迫害，輕則削籍，重則致死。