隨後，朱由檢安排太監王之心、栗宗周、王之俊帶著三名皇子出宮，送到成國公朱純臣等人那裡，接著與周皇後等嬪妃舉行最後的酒宴，要求她們自儘。
周皇後回到坤寧宮就自縊了，袁貴妃被朱由檢砍傷。
隨後，朱由檢怒吼著“為什麼要生在我家”，先後揮劍砍向長平公主和昭仁公主，前者被砍斷手臂而昏厥，後者當場死亡，又派人到各宮催促懿安太後及西李自儘。
其後，朱由檢召見提督京城內外太監王承恩議事，並與他飲酒。
三更，朱由檢到王承恩住處，換上大帽及宦官的衣服，手持三眼銃，帶著數百名太監先後到朝陽門、崇文門、正陽門突圍，均告失敗，朱由檢被迫與王承恩回宮，換了衣服。
此時已是三月十九日的五更，朱由檢親自撞鐘召集文武百官，但無一人入朝。
最後，他與王承恩登上煤山，在一棵樹上自縊，王承恩也相對自縊。
據說朱由檢臨終前徘徊許久，感慨群臣中沒人陪他，又自我安慰說群臣不知道自己行蹤，然後才自縊。
朱由檢自縊當天上午，北京全城投降，李自成進入皇城，發現周皇後等女眷的遺體，三名皇子也被太監栗宗周、王之俊出賣而成了俘虜，但未發現朱由檢的去向。
於是李自成懸賞黃金萬兩搜尋朱由檢，直到三月二十日中午，朱由檢的遺體才被發現。
他身穿藍色道袍，披頭散發，遮住了臉，右腳穿著襪子和紅方舄，左腳赤腳，胸中背心有帶血遺詔，強調“諸臣誤朕”，最後說“任賊分裂朕屍，勿傷百姓一人”。
遺詔上還有一行墨書寫著“百官俱赴東宮行在”，據說朱由檢在三月十八日曾下朱諭於內閣，要求成國公朱純臣輔佐太子。
當宦官將朱諭送入內閣時，閣臣們早已作鳥獸散，宦官複命時也找不到朱由檢所在，而朱由檢以為閣臣已看到朱諭，所以在遺詔上留下了這行話。
朱由檢的遺體被運至東華門外，與周皇後的遺體放在一起，“諸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，餘皆睥睨過之”。
其後，李自成在明朝太監王德化等的請求下，用較好的棺材重新收殮朱由檢夫婦的遺體，四月初三日埋在田貴妃墓中，隻有太監和百姓為朱由檢送葬。
在這期間，自殺殉國的明朝臣子有新樂侯劉文炳及其弟都督劉文耀、彰武侯楊崇善、惠安侯張慶臻、東宮侍衛周鏡、駙馬都尉鞏永固、宣城伯衛時春七名勳戚以及範景文、倪元璐、李邦華等二十餘名文臣。
其他勳戚及文武官員基本上都向李自成投降，陳演、朱純臣還帶頭勸進於李自成，不過他們隨即受到李自成的追贓拷掠，許多人在這過程中死去。
五月，清軍入關，占據北京。
清攝政王多爾袞宣布為朱由檢發喪三天，為此需要擬定廟號和諡號。
這項任務被交給李明睿，李明睿擬廟號為“懷宗”，諡號“欽天守道敏毅敦儉弘文襄武體仁致孝莊烈端皇帝”，陵號“思陵”。
順治十六年（1657年）改“端”為“湣”，簡稱“莊烈湣皇帝”或“莊烈帝”。
南明弘光政權也在六月給朱由檢上了“思宗”的廟號諡號。
弘光元年（1645年，清順治二年）二月，改廟號為“毅宗”。
朱由檢即位之初，戶部積欠九邊軍餉，高達9,685,500餘兩。
戶部已麵臨破產邊緣，朱由檢在己巳之變後發現戶部錯賬甚多，遂開始整頓財政。
朱由檢在崇禎三年（1630年）三月要求戶部將新、舊餉庫賬冊“五日一報”。
八月，朱由檢要求邊鎮餉司實行“月報”。
朱由檢希望借此形成一個自皇帝至戶部乃至各地方清楚的財政管理脈絡，進行有效的遠程財政及倉庫管理。
此外還建立駁查製度，派專員核實月報數額，由此可以隨時掌握各倉庫的具體變動。
清朝入關以後，沿襲了朱由檢財政改革的成果，形成奏銷製度。
後金興起後，明廷為籌措軍餉，下令全國（除貴州外）畝加征田賦九厘，每年得銀五百二十萬兩，是為“遼餉”。
崇禎年間，明廷內外兩線作戰，財政連年入不敷出，瀕臨破產邊緣。
崇禎十年（1637年），朱由檢聽從兵部尚書楊嗣昌的建議，在舊額田賦的基礎上，每畝加糧**，每年得銀近二百萬兩，稱為“剿餉”。
朱由檢表示，這次的加派是臨時性的——“勉從廷議，暫累吾民一年”。
可在第二年，仍然征收了其半數。
崇禎十二年（1639年），廷臣議練邊兵，楊嗣昌籌劃，東而遼東、薊鎮，中而畿輔，西而陝西三邊，共練兵七十三萬。
練兵需餉，遂於天下田土中，畝加賦銀一分，計得七百三十餘萬兩。
這宗加派稱作“練餉”，三者合稱“三餉加派”。
三餉加派加重了人民的負擔，而明朝內外用兵並未取得顯著成效，故加派依然不止，加速了明朝的滅亡。
朱由檢以厲行節儉著稱。他即位後，就罷蘇杭織造，並將神宗以來每天禦膳所花費的萬金減少至百分之一。
過去皇帝所穿的冠、袍、鞋、襪都是每天翻新一次，朱由檢下令一個月翻新一次，平時穿洗過的衣服，鞋子、襪子的邊緣用布來縫。
玉熙宮的伶人也全部遣散，之前宮中有散金銀豆於地、讓宮人爭搶的傳統風俗，朱由檢下令將金銀改成棗、栗。
宮中的月宴、時宴以及外戚、公主家定時進獻的甘果，朱由檢全部叫停。
他所居的德政殿十分狹小，殿中禦座旁隻有一個金壺，都是他親自倒熱水，其他器具都沒有。
崇禎十六年（1643年）十月，朱由檢重申減膳撤樂，除了冬至、正旦、壽節、端陽、中秋及諸大典禮時奏樂外，其他時間都不聽音樂，宮中一律用錫、木、瓷器，隻留下典禮所必需的金銀器，其他金銀器都封存倉庫，以備賞賜。
並且號召文武百官也厲行節儉，禁止官紳用黃、藍絹蓋、士人穿紅、紫衣履以及庶民穿錦繡、絲綢、金玉、珠翠衣飾，衣袖不得超過一尺五寸，但這道禁奢措施收效有限。（www.101novel.com）