光緒七年的江蘇江寧，夜幕深沉。江寧保甲局的捕快們如同暗夜中的獵豹，破獲了一宗驚心動魄的盜竊案。被捕獲的盜賊名喚李大鳳，他麵對鐵證如山，為了求得一線生機，對自己的罪行供認不諱，甚至不惜出賣同夥，揭示出一幅錯綜複雜的犯罪網絡。
令人震驚的是，李大鳳的供述中還牽出了一起舊案。他提到自己的表弟朱彪，三年前神秘失蹤，後來竟得知是被兩個小混混周五、沈鮑洪聯手殺害於江寧。這一消息如同驚雷般在江寧上空炸響，官府立即下令捉拿周五和沈鮑洪。
兩人被抓後，經受不住官府的嚴刑拷問，很快便承認了罪行。他們供述，光緒三年的一個寒冷冬夜，兩人在江寧府上元縣的三牌樓竹園裡，殘忍地將朱彪砍死，隨後拋屍潛逃。兩人的供述如出一轍，時間、地點、作案手法都毫無出入，看似是一樁鐵證如山的殺人案。
然而，就在眾人以為案件即將告破之際，審訊的官員們卻麵露愁色，記錄供詞的書吏更是手抖如篩。原來，周五和沈鮑洪供認的這起殺人案，竟與四年前的一起舊案高度重合，很可能是同一案件。而四年前的那起案子早已結案，兩名凶手也已被處以斬刑。
這究竟是怎麼回事？難道還有更大的陰謀隱藏在背後？江寧的夜空下，一場關於真相與謊言的較量悄然展開。
光緒三年的十二月初十，江寧城內的三牌樓竹園裡籠罩在一片詭異的氣氛中。有人在這裡發現了一具無名男屍，他的身上布滿了傷痕，發辮被殘忍地砍落，顯得異常淒慘。現場的物品散落一地，有表芯紙、石灰包、篾刀和草鞋等，但四周卻不見一絲血跡和踐踏的痕跡。這顯然是一起精心策劃的謀殺案，然而死者身份成謎，線索稀少，使得案件的偵破難度直線上升。
兩江總督沈葆楨接到這起詭異命案的報告後，心中湧起一股不安。他深知這起案件若不儘快偵破，必將引起城中百姓的恐慌。於是，他立刻派出了自己的心腹乾將、營務處總辦洪汝奎，責令他務必儘快緝拿凶犯，給死者一個公道。
洪汝奎接到命令後不敢有絲毫懈怠，他立即安排緝捕委員、候補參將胡金傳全力追捕殺人嫌犯。胡金傳帶領手下開始了緊張的走訪調查，希望能從中找到一絲線索。
在走訪過程中，一個名叫左一良的乞丐了一條重要信息。他稱自己曾聽賣瓜子的小販方小庚和一個三牌樓的老奶奶談論過這起命案，還說自己曾親眼見過死者。胡金傳立刻找到了方小庚，這個年僅十八九歲的少年雖然耳背、反應遲緩，但他了一條極為關鍵的線索。
方小庚回憶道，在十二月初九的晚上，月亮高懸，地上的積雪銀白一片。他路過三牌樓竹園附近時，隱約看見一個人躺在雪地裡。他好奇地上前一摸，發現那人臉上冰涼，已經沒有了氣息。他嚇得趕緊躲了起來，就在這時，他看見了三個人走了過來。其中兩人一高一矮，臉上都有麻子，第三人則是一個禿頭，看起來像是一個和尚。方小庚不敢出聲，等三人離開後，他才敢離開現場。
胡金傳根據方小庚的供述，迅速捉拿了三牌樓附近妙耳山的僧人紹宗、屠戶曲學如以及在營中當夥夫的張克友三人。經方小庚指認，這三人正是那晚他在竹園見到的三個人。
捉拿嫌犯的任務雖然完成，但接下來的審訊才是關鍵。洪汝奎命令候補知縣嚴堃、丁仁澤、候補同單之珩和胡金傳聯合審訊此案，務必查明死者身份、殺人動機、殺人過程和凶器。一場關於真相與謊言的較量即將展開，究竟是誰犯下了這起殘忍的謀殺案？又隱藏著怎樣的秘密？一切都將隨著審訊的深入而逐漸揭曉。
說是四人會審，但事實並非如此。丁仁澤匆匆參與了一回，便投身於繁忙的海運事務中；單之珩因與胡金傳有舊怨，沒多久就找個借口，撇下案子走了。因此，這樁案子的審理重擔，實際上落在了嚴堃和胡金傳兩人的肩上。
審訊伊始，那三人咬緊牙關，拒不認罪。然而，嚴刑拷打之下，張克友的心理防線率先崩潰。他哆哆嗦嗦地招供，聲稱死者是何春榮家的一名姓謝的雇工。據說，這謝某生前與高馮氏有染，被高馮氏的另一個情夫紹宗得知。紹宗心生妒恨，便叫上他和曲學如，趁著夜深人靜，將謝某殘忍地殺害在竹園之中。
紹宗在嚴刑逼供下，也無奈地承認了此事。
當差役們將高馮氏和何春榮傳喚到大堂對質時，事情卻出現了戲劇性的轉折。高馮氏堅決否認通奸一事，還堅稱自己根本不認識謝某；何春榮也矢口否認，說自己家從未有過姓謝的雇工。顯然，張克友的口供完全是在胡編亂造。
嚴堃和胡金傳深感棘手，再次提審三人。這一次，他們加大了審訊力度，繼續用嚴刑逼供。在強大的壓力下，張克友開始語無倫次，一會兒說死者叫薛泳銓，一會兒又改口說死者是薛春芳；連殺人動機也變得模糊不清，一會兒說是為了錢財，一會兒又說是其他什麼原因。在張克友的招供後，紹宗和曲學如也相繼崩潰，紛紛招供。
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在陰暗的牢房裡，紹宗、曲學如和張克友三人低著頭，承認了他們的罪行。他們垂涎外地販豬客商薛春芳身上的銀兩，於是在一個寂靜的夜晚，他們殘忍地將薛春芳殺害，並瓜分了他的錢財。殺人後，他們匆忙脫下薛春芳身上的血衣，帶回妙耳山焚燒，企圖銷毀罪證。
據他們供述，屍體旁的表芯紙是曲學如用來擦去手上血跡的，石灰是紹宗塞入死者口中的，而那把篾刀則是張克友用來行凶的凶器。至於那雙草鞋，則是死者薛春芳留下的唯一遺物。
官府根據他們的供述，在妙耳山廟中找到了一把屠刀，認定為殺人凶器；山上的一堆灰燼，被認定為死者衣服的灰燼；而在曲學如的家中，更是搜出了一把鐮刀，被認定為曲學如的殺人凶器。然而，死者的身份卻始終未能核實，官府隻能簡單地將其認定為和州客商。
人證、物證、口供一應俱全，嚴堃和胡金傳將案情整理成卷，上報給了洪汝奎。洪汝奎接到案情後，進行了認真的核查。他再次提審了方小庚，讓他重新辨認嫌犯；還親自前往案發現場進行勘察。
或許是出於對嚴堃和胡金傳的信任，洪汝奎在核查過程中百密一疏。他並沒有親自查驗屍體，也沒有核對死者傷口和凶器的尺寸，更沒有察覺到嚴堃和胡金傳對犯人可能存在的刑訊逼供。因此，他順利地通過了案件的審核，但在上報給沈葆楨時，還是謹慎地建議沈葆楨派官員重審一次。
令人意想不到的是，當案子交到沈葆楨手中時，他並沒有按照洪汝奎的建議重審此案，反而直接下令將紹宗、曲學如就地正法！這究竟是因為什麼呢？這背後又隱藏著怎樣的秘密和陰謀？
一枚五角銅錢，看似微不足道，卻如一塊巨石般激起了沈葆楨心中的驚濤駭浪。這枚銅錢，竟是從曲學如的物品中搜出，它並非尋常之物，而是兩江地區一個秘密會堂私鑄的標記。
兩江之地，曾是太平天國運動的暴風眼，戰後，秘密會黨如雨後春筍般湧現，曆任兩江總督無不將此視為心頭大患，嚴懲不貸。這枚銅錢，就像是會黨的暗語，讓沈葆楨嗅到了不安的氣息。他心中頓時有了決斷，認為這起案件不過是會黨土匪間的自相殘殺，無需深究。
於是，光緒四年的二月，紹宗、曲學如被就地正法，而張克友雖逃過一死，卻被割去耳朵，驅逐出江寧城。
然而，誰曾想，四年後，那起被匆匆了結的三牌樓竹園案，竟再次浮出水麵。兩起案件，究竟是不是同一樁？真凶又是誰？如果周五、沈鮑洪真的是三牌樓案的真凶，那四年前審結的那起案件，豈不是一樁冤案？
江寧城內，關於兩起案件的議論如潮水般湧動。人們紛紛猜測，議論不休。消息越傳越遠，甚至驚動了《申報》，進行了刊發。
而那些四年前被斬首的曲學如的家人，更是悲憤難平。他們組織起來，浩浩蕩蕩地前往兩江總督衙門，要求為曲學如申冤平反。他們的呼喊聲、哭泣聲，在衙門前久久回蕩，讓人不禁為之動容。
隨著輿論的嘩然，三牌樓案已如野火般燃燒，再也無法遮掩。審訊官員們深知事態嚴重，隻得將周五、沈鮑洪的案情緊急上報給了兩江總督劉坤一。劉坤一眉頭緊鎖，他深知這起案件已經不僅僅是一起簡單的命案，更牽扯到了兩江地區的安穩與民心。
於是，他迅速委派江寧布政使梁肇煌、鹽巡道德壽、江寧知府趙佑宸等一眾官員，組成專案組，決心合並審理這兩樁跨度四年的三牌樓案。
專案組一成立，便立刻提訊了周五和沈鮑洪。在專案組的嚴密審訊下，兩人終於招供了更多的細節。官府按圖索驥，迅速拘捕了更多的人證，找到了更多的旁證。隨著調查的深入，案件的真相如同剝洋蔥般，一層層地展現在了眾人麵前。
原來，在光緒3年的一個深秋，周五在江蘇阜寧縣西鄉誘拐了劉王氏，並帶上和自己苟合成婚的劉高氏乘船南下。途中，他們遇到了周五的老朋友朱彪和沈鮑洪。同行的還有被朱彪誘拐為妻的趙高氏，以及篾匠許嘉福一家人。
在漫長的航行中，朱彪對劉王氏的美貌垂涎三尺，起了歪念。當船隊在江寧六合縣落腳時，朱彪輕而易舉地將劉王氏引誘到手，並與之同宿。之後，他更是趁周五不注意，與劉王氏私奔了。
周五得知此事後憤怒不已，但他深知自己不是習武的朱彪的對手。於是，他找到沈鮑洪商量對策，打算約他一起找朱彪算賬。然而，沈鮑洪此時已經和趙高氏有了奸情，他擔心朱彪知道後會找自己的麻煩。於是，一個邪惡的念頭在他心中滋生——不如先下手為強，以除後患。
於是，在一個風雨交加的夜晚，周五偷偷溜進許嘉福的住處，偷走了他的篾刀，並帶上幾包石灰。兩人相約前往江寧城，尋找朱彪的蹤跡。一場驚心動魄的較量，即將在江寧城的某個角落上演……
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十二月初九，寒風凜冽，周五與沈鮑洪終於找到了朱彪。此時的朱彪正打算潛入三牌樓的一家香燭店行竊，見到兩人到來，他眼中閃過一絲狡黠，邀請他們一同入夥。周五和沈鮑洪表麵上假意應承，心中卻早已暗藏殺機。朱彪興致勃勃地準備起行竊的工具，草鞋、火缽、表芯紙一應俱全。