嚴世蕃向朱載坖提出的第二個問題就是文思院以及文思院下轄的各個工場和地方官府的關係問題。現在文思院和地方官府還是有一些矛盾的。
主要是關於土地和人員的，地方官府認為文思院的工場不僅占據了大量的土地，還將大量的精壯男子招募進入工場中，他們認為這樣會導致百姓舍本逐末。忘記農業這個最根本的事情，所以很多地方官府對於文思院的工場並不歡迎，同時也不喜歡文思院到處招募工人。
對於此事，朱載坖表示會通過上諭的形式告誡地方官府，要配合文思院及其各工場。
嚴世蕃還向朱載坖彙報了一件事情，就是遵化鐵廠和遵化縣的矛盾，現在遵化鐵廠開始大規模生產了，當然會產生大量的礦渣，這些礦渣的堆放需要大量的土地，現在就這些礦渣的問題，遵化縣和遵化鐵廠已經發生的很多次的衝突。
對於這些礦渣，嚴世蕃也想了很多辦法，如用礦渣鋪路等，但是這些方法並不能夠完全消耗這些礦渣，而且隨著朝廷對於鋼鐵的需求日漸增加，這些礦渣隻會越來越多，礦渣堆積，確實會占用大量的土地，嚴世蕃想請求朱載坖下旨，征求能夠處理這些礦渣的辦法。
朱載坖笑著說道：“德球，朕倒是有個辦法。”
朱載坖的辦法很簡單，就是用這些礦渣製造礦渣水泥，這也是最簡單的水泥之一，就是將礦渣、石灰石、黏土研磨成粉，然後再加以煆燒，不僅是礦渣可以這麼做，煤灰也可以這麼做，以石灰石和粘土為主要原料，經破碎、配料、磨細製成生料，然後在水泥窯中煆燒而成的。
至於具體的比例如何，那就交給文思院去想辦法了，這事就不歸朱載坖管了。
對於朱載坖的方法，嚴世蕃準備回去加以試驗，如果真的能夠解決這些礦渣，還能夠為文思院增加一個進項，對於嚴世蕃來說肯定是再好不過的事情了。
朱載坖現在也需要大量的水泥，無論是修橋鋪路，還是修整邊牆，都需要大量的水泥，雖然現在大明用糯米漿灌注的邊牆也很堅固，但是成本實在是太高，朱載坖承擔不起，還有就是道路的硬化，也需要大量的水泥。
除了這些事情之外，朱載坖現在要交給文思院的事情就是鐵炮的鑄造這個問題，之前大明是用倭銅鑄造火炮，質量當然是很好，但是銅價昂貴，根本不可能支持大規模裝備官軍，而且銅對於朱載坖來說還是有大用的，銅錢畢竟是百姓日常生活中能夠使用的，而且錢息也可以給內承運庫帶來豐厚的收入。
現在朱載坖的規定是從倭國來的銅料，一半鑄錢，一半鑄炮，要是能夠突破鐵炮這個技術問題，就可以節省大量的銅料，用於鑄錢，增加錢息收入。
其實朱載坖也很清楚為什麼大明的鐵炮工藝總是不過關，之前生產大將軍炮，就經常炸膛，搞得官軍炮兵都不敢使用這些火炮，究其原因，主要是兩點，其一就是之前大明鑄炮用的鐵料質量不好，由於之前大明在煉鐵的時候並不是使用焦炭，而是直接使用煤炭，導致產出的鐵含有大量的磷和硫，鐵質脆而易炸。
用這樣的鐵鑄造的火炮自然是很容易炸膛了，還有就是鑄造工藝的不過關導致炮體內含有大量的氣泡、砂眼，這些質量上的問題也會導致鑄造出來的火炮質量差。
對於這些問題，朱載坖還是認為還是可以解決的，現在遵化鐵廠等已經實現是焦炭煉鐵，生鐵的雜質會大幅度的下降，同時朱載坖要求鑄炮必須是熟鐵或者鋼才行，必須要保證火炮的質量。
如果能夠實現鐵炮鑄炮的話，就可以節省大量的銅料，這對於朱載坖來說是很重要的。
同時就是火藥的問題，之前戚繼光和其他邊鎮大將也向朱載坖上疏說過火藥的問題，現在向邊鎮配發的火藥還是存在質量問題，不同批次的火藥質量不一，雖然朱載坖要求實現火藥的顆粒化，但是火藥的顆粒也是大小不一，使得官軍的火銃、火炮要經常要根據不同批次的火藥來調整用量，這顯然對於作戰是極為不便的。
朱載坖要求嚴世蕃和文思院、軍器、兵仗兩局還有火藥工場，想辦法統一火藥的配方，對於木炭、硝、硫磺，都要提純之後使用，配方務必要精準，同時根據火銃和火炮不同的特性，無論是火藥的配方還是火藥的顆粒大小，都要確定下來，形成製度。
文思院這些東西，不能閉門造車，要和邊鎮的大將、官軍士卒們溝通，聽取他們的建議，同時朱載坖認為，為了方便士卒們使用，要將火炮、火銃的彈藥定裝化，按照每次所用的劑量，與彈丸一同封裝，方便士卒們臨戰取用。
朱載坖將這些交代給了嚴世蕃，就去處理政務了。
隨著大明的開放海禁，大明和西洋、南洋各國的接觸就更加多了，提督海關衙門兵部左侍郎兼戶部左侍郎胡宗憲向朱載坖上疏，稱紅夷有使者，聲稱奉其國王之命出使大明，奉送禮物，請求陛見。
所謂紅夷，就是荷蘭人，既然他們願意來，朱載坖倒也不排斥，令海關衙門派人護送到京師，由禮部負責接待。
還有就是琉球中山王向朱載坖上疏，聲稱倭寇襲擾琉球，請求朱載坖速發天兵，幫助琉球擊退倭寇。
對於中山王的奏疏，朱載坖有些無奈，大明的這些藩屬，一向都是如此，隻要有事，就希望大明速發天兵，但是他們根本不會考慮大明官軍遠赴萬裡之外，能夠得到什麼，好像他們隻要叫聲爸爸，大明就得為他們拋頭顱灑熱血一樣。
朱載坖並沒有立即作出決定，而是將琉球中山王的奏疏下部議。果不其然，大臣的結論是一致的，根本不願為了琉球而出兵，因為出兵琉球除了損耗錢糧之外，一無所得。
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