同時，細分內官監和軍器監的職能，軍器的研發和生產都歸軍器監，由嚴世蕃以工部尚書掌軍器監事，而機械的研發和製造則仍舊歸屬於內官監和文思院，同時朱載坖命令，從軍器監、內官監中挑選有研製軍器、機械經驗和識字的工匠，進入文思院中，負責直接研製朱載坖交辦的軍器和機械。
令鄭王世子朱載堉以宗正領文思院使，負責研製和科技事務，同時命令成立機械學堂，以鄭王世子朱載堉為祭酒，專門負責培養精通機械研製的人才，同時下詔，能夠向朝廷進獻新式軍器、機械和有其他科技成果的，朝廷不吝官爵之賞，由鄭王世子朱載堉負責接收，軍器則由大將們統一考察之後得出結論。
不過大臣們都不看好機械學堂的招生，畢竟哪怕是學算學，也可以通過吏員的考選成為官員，而學機械能夠乾什麼？不能當官對於百姓的吸引力就小了不少，朱載坖表示，為什麼不能當官，機械學院學成畢業的，可以當官，而且是可以到軍器監、文思院、內官監下屬的工場當官，而且畢業就當官，考入就給九品俸祿，朱載坖就是要刺激大明的百姓去學機械。
朱載坖很清楚，子曰詩雲是乾不過堅船利炮的，現在大明就是要爭取先發，以大明現在的體量和國力，哪怕隻有一點點的改變，對於大明來說都是極為有利的。
除了建立機械學院以外，朱載坖還下詔要求百官推薦精通機械、軍器人才，朱載坖量才給官。
除此之外，朱載坖還將原來分散在各個各個工場之中負責製造機械、機床的工匠集中到一起，成立大明機器製造總局，專門負責各種機械、機床的製造。受內官監和文思院的管理，負責為大明研製和生產各種機械、機床。
朱載坖同時命令在天津、河間、遵化、唐山等地，為這些工匠興建房屋，分配給工匠居住，所需要的錢財從內承運庫出。
除了應對北虜和軍器生產上的大調整之外，對於軍務，朱載坖下一步的要點主要是在水師上，天津等地的造船廠要為官軍水師製造大噸位的戰艦，主要是加強北洋和南洋兩支水師，南洋水師負責防備佛郎機，保障大明東南海疆，而北洋水師主要負責拱衛京師，為日後的征倭做準備。
俞谘皋已經率領南洋水師出海曆練了，北洋水師也要動起來，朱載坖命令北洋水師提督陳璘，統帥水師，出海剿除倭寇，熟悉航路，主要就是熟悉從天津往遼東經朝鮮到倭國的航線，同時巡行對馬海霞，震懾倭國。
朱載坖倒也不是無的放矢，織田信長現在是誌得意滿，有些不知道天高地厚了，由於朱載坖已經和尼德蘭結盟了，所以紅夷斷絕了和倭國的貿易，而佛郎機對於倭國的市場並不關注，現在王直已經壟斷了大明和倭國的貿易，向倭國大量傾銷大明的布匹和絲綢，同時將倭國的大量生絲運回國內，在蘇鬆等地紡織成絲綢用於銷售。
這樣一樣，倭國就失去西洋的火器支持，這點讓織田信長極為憤怒，因為他就是在倭國大量使用火器軍閥，現在倭國自己生產火器的能力是很差的，需要從尼德蘭獲取獲取，但是顯然，尼德蘭不會為了倭國去得罪大明的，儘管織田信長派人找到尼德蘭商人，但是大部分尼德蘭商人都不願再和倭國進行貿易，即便有少數的商人願意冒風險向倭國倒賣火器，價格也是天價。
織田信長當然知道這其中的原因是什麼，他派人威脅王直，要求王直為他倒賣軍器，被王直一口拒絕，開什麼玩笑，老王現在等的就是大明征倭之後好在老朱家混個長期飯票，銀子他早就不缺了，王直很清楚朱載坖的意圖，現在是要處理北虜，還有等待水師繼續力量，一旦大明空出手來，不收拾倭國才是怪事。
被王直拒絕的織田信長當然是極為憤怒，他威脅王直要中斷倭國和大明的貿易，織田信長很清楚，大明需要倭國的白銀和銅料，王直立馬將這一消息急報朱載坖，請求聖裁。
朱載坖得知消息之後，當然是極為憤怒了，朕還沒收拾你呢？你織田信長還敢威脅朕？你老老實實吃魚去不好嗎？朱載坖認為應當給倭國一點顏色看了，所以朱載坖命令北洋水師北上，在對馬海峽巡航之後，與王直的船隊彙合，在倭國近海展示武力，給倭國提提醒。
讓倭國明白明白，王直的身後，站的是誰。同時朱載坖還命令王直，倭國這麼大，願意和大明做生意的軍閥多了去了，你織田信長真以為自己是倭國國王了嗎？朱載坖命令王直斷絕和織田信長的貿易，與其他倭國大名交易就行了，主意是石見銀山和佐渡島的銀礦，能夠被大明掌握就行了。
至於銅，現在朱載坖已經不太擔心了，隨著大明控製了緬甸，修通了伊洛瓦底江水路之後，不管是雲南的銅還是緬甸當地的銅，都可以通過水路轉運到仰光，然後從仰光經海運向大明轉運。
對於朱載坖來說，倭國現在重要的是白銀和生絲，白銀是關係到朱載坖廢兩改元的大政方針的，而從倭國收購的大量生絲是大明發展紡織業所必須的重要原料，好在這兩樣都不是織田信長能夠直接控製的，所以朱載坖並不擔心他的威脅，至於王直的人身安全，這位都是老江湖了，這種事情不用朱載坖操心。
隨後朱載坖以練兵軍務處的名義下達命令，九邊官軍必須合適軍儲、戰馬實有數字，有不足的，立即上報予以撥給，同時加強訓練，京營也是如此，京營、親軍諸衛、班操京軍也要加強訓練，朱載坖分遣將帥，視察訓練和裝備情況。
同時下旨給尼堪外蘭等女真酋長，從女真部落中招募勇士，補充入三千營。
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