不光是預防措施，更重要的是相應的藥品，翰林醫官院也確實是研究出了幾種藥材，對於這些煙瘴所致之病有效果，首先就是金雞納霜，這種樹是從西洋帶來的，朱載坖命令在海南、台灣等地大量的培育、種植，現在已經有一定的數量了，金雞納樹的樹皮可以治療瘧疾，不過現在大明的金雞納樹海不多，所能夠提供藥物也確實是不多，除了金雞納樹之外，還有就是青蒿了。
青蒿清虛熱，除骨蒸，解暑熱，截瘧，退黃之功效。常用於溫邪傷陰，夜熱早涼，陰虛發熱，骨蒸勞熱，暑邪發熱，瘧疾寒熱，濕熱黃疸等病症，能夠治療瘧疾，葛洪就認為：“青蒿一握，以水二升漬，絞取汁，儘服之。”可以治療瘧疾，而且青蒿在大明並不算什麼名貴的藥材，但是經過翰林醫官院的試驗之後，青蒿的花葉才有治療瘧疾的效果，所以在朱載坖的指令之下，朝廷開始大量的儲備青蒿，為征討安南做準備。
除此之外，還有一種藥物也受到朱載坖的重視，就是止瀉藥，軍中最常見的疾病就是腹瀉，不僅僅是瘧疾、痢疾這樣要命的疾病，就是尋常的腹瀉，也是非常之多的，所以止瀉藥是朱載坖很重要的，浙江湖州所產之膠嶺石，經過水飛炮製之後，可以作為良好的止瀉藥，翰林醫官院在緬甸試用之後效果是不錯的，朱載坖也命令大量的儲備以保證軍需。
除此之外就是要準備大量的雄黃、硫磺、石灰、明礬等驅蟲淨水的物資，官軍也要嚴格紀律，保證良好的飲食習慣，否則的話，疫病還是很有可能在軍中爆發，朱載坖還命令準備大量的烈酒，主要是配給於隨軍的軍醫用以消毒防止傷口感染的。
同時由於安南多雨，相應的雨具也要予以配發，朱載坖很清楚這些所謂瘴癘很重的地區，往往是積水和叢林同時存在的地方，官軍要想平安的通過這些地方，就要準備大量的石灰、雄黃、硫磺等物資，同時將這些地方的積水排乾，殺滅蚊蟲，具體的辦法翰林醫官院在緬甸都已經試過了，確實還是有效果的，朱載坖早就命令翰林醫官院準備相應的藥材，同時培訓士卒們的為生習慣，防止軍中疫病的流行。
當年大明之所以飲恨安南，主要還是後勤問題，安南時叛時降，陰晴難定。官軍後勤供給是個大問題，從廣西運糧到安南，需要經過涉雞陵、隘留、丘溫、憑祥、龍州、太平等地，這些都是有名的瘴區。運送給養的士卒往往死傷慘重，同時安南人還伏擊官軍的後勤，導致官軍後勤困難，這也是一個重要的問題。
當然，最關鍵的就是從張輔之後，官軍的將領沒有張輔這樣的能力，用後人評價的話說就是：“蠻疆險遠，易動難馴，數年之間叛者數起，柳升以輕敵喪師，王通以畏怯棄地。雖黃福惠愛在交州，叛人心折，而大勢已去，再至無功。交址內屬者二十餘年，前後用兵數十萬，饋餉至百餘萬，轉輸之費不與焉，至是棄去。官吏軍民還者八萬六千餘人，其陷於賊及為賊所戮者不可勝計。而土官向義者陶季容、陳汀之屬，乃往往自拔來歸。”
對於大明來說，在安南的失敗確實是嚴重挫折，使得大明國威淪喪，在南洋藩屬中的威信大大的降低，更加重要的是，給了安南一種錯覺，就是大明也不過如此，這也是後來安南之所以敢於屢屢挑釁天朝的重要原因。朱載坖不準備慣著安南了，在有生之年，不把這幫猴子的猴腦打出來，他這個皇帝也就彆乾了。
朱載坖要收拾安南，已經是擺在明麵的事情了，朝廷官員是都很清楚的，甚至於安南人自己也很清楚，所以安南人這次選擇支持廣西的叛軍，就是要延緩大明動手的時間，好能夠提前有所準備，但是朱載坖迅速調遣官軍平叛，同時派出倭人來襲擾安南，離動手的時間已經是越來越近了。
通過前線的戰報，朱載坖已經了解到官軍在廣西進展還是比較順利的，這次官軍按照朱載坖的旨意殘酷的鎮壓了這些叛軍，這是朱載坖很少見的行為，一般情況下朱載坖並不會要求官軍趕儘殺絕，但是這次情況不同，這些瑤人屢屢所亂，朱載坖已經無法容忍他們，而且和安南勾結，這無疑觸犯了朱載坖的忌諱，而且朝廷征討安南在即，一旦這些瑤人再次作亂的話，無疑會嚴重的影響朝廷征討安南的計劃，所以朱載坖采取的辦法就是嚴加誅戮，以保證廣西的安定。
而戚繼光在詳細的檢討了之前大明征討安南的經驗和教訓，向朱載坖上疏道：“安南小醜，負固不庭，天討所加，宜有長算。是役也，大率以兵為先，食次之。兵食既足，然後建瓴而下，機在我矣。往年王師薄伐，集諸路兵約八十萬人。今用其半，亦當得四十萬人，而兩廣之兵八萬萬人，滇、黔、緬甸之兵約一十萬人，水師之兵二萬，江西、閩、楚三省之兵可調者曰七八萬人。而土官之調度為難，所宜激以討賊之義，宣以誅賞之條，俾懾威銜惠，自奮於捶策之下。而又簡其酋長之忠義有為者，以赤心付之，無後時而緩，無先時而急，而我執其中權，乃有濟也。”
戚繼光隨後說道：“夫兵馬未動糧草先行，師四十萬人，大約日食六千石，旬日倍之，秣無與之。加之征討百需，未克時日，即當以禾黍之策，慎替運之方，謹貯宿之地，重出納之司。官無蠹貲，民無耗財，吏無叢奸，斯善策矣。然後議擇地利，分道出師。兩廣、滇黔之兵為正兵，海上之兵為奇兵，緬甸、暹羅、占城之兵為疑兵，如此正奇並用，虛實相繼，安南必破也！”
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